而此时魏忠贤企图扩张权利，见到孙承宗功劳非常高，想要攀附，于是派刘应坤向孙承宗表明自己的意思。但孙承宗见到刘应坤之后与他一句话也不说，魏忠贤因此记恨孙承宗。魏忠贤迫害朝中大臣，将杨涟、星、高攀龙等驱逐出京，孙承宗正在巡视蓟州一带，想到上反对奏书皇上未必会亲自阅览，于是以贺寿为由请求入朝面奏，借机弹劾魏忠贤。魏广微听说后将这个消息告诉了魏忠贤，说孙承宗打算以清君侧为由杀掉魏忠贤，魏忠贤于是跑到皇帝朱由校床前，哭着求情，顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。于是朱由校连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗。魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东。魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗。孙承宗于是请求罢官。

“能和魏忠贤斗，厉害。”刘辩感叹道。

给事中郭兴治请求朝中大臣讨论孙承宗的去留问题，很多人都弹劾孙承宗说他冒领军饷，而吏部尚书崔景荣支持孙承宗，朱由校于是下诏让孙承宗继续督师辽东，却让孙承宗精兵简将，减少军饷。而孙承宗刚刚派遣诸将分别驻守锦州、大小凌河、松山、杏山、石屯等地，扩张二百里，将尤世禄、李秉诚等将罢免，裁剪军队一万七千人，节省开支六十八万。

同年九月，马世龙误信降人降将刘伯漒，派鲁之甲、李承先袭取耀州，中计身死，损失四百余人。于是魏忠贤党羽趁机弹劾马世龙和孙承宗，孙承宗于是强烈请求辞官，十月，朱由校同意孙承宗辞官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。而让兵部尚书高第为辽东经略。没过多久，安性也罢官，朱由校于是不再设立巡抚。

高第上任后，将两百里守兵全部撤回，退守山海关。而清努尔哈赤得知孙承宗辞职后，率军大举进攻。袁崇焕抗拒高第的命令，不肯撤出宁远城，与满桂、祖大寿等依靠昔日与孙承宗做的军事准备将清军击退，取得宁远大捷。而高第却试图以宁远被围，关门兵只有五万弹劾孙承宗，孙承宗告诉户部说到山海关时领了十一万七千人的军饷，现在只给五万人的军饷就可以了。于是高第以妄言被治罪。魏忠贤也想陷害孙承宗，但也失败。

孙承宗督师辽东四年，前后修复九座大城，四十五座堡垒，招练兵马十一万，建立十二个车营、五个水营、两个火器营，八个前锋后劲营，制造甲胄、军用器械、弓矢、炮石等打仗用的装备有几百万，开疆扩土四百里，屯田五千顷，年收入十五万。朱由校记孙承宗大功，让他的儿子世袭锦衣卫千户。

袁崇焕先前为魏忠贤建立生祠，又擅自与清军讲和，后来为了议和又设计矫诏将牵制清军的东江毛文龙杀死，将登莱巡抚袁可立积数年之力经营的海上防务瓦解殆尽。同年十一月，清军大举进攻，从大安口直取遵化，快要直逼都城。朝中大臣奏请朱由检应该召来孙承宗。于是朱由检下诏仍以孙承宗原来的官职兼任兵部尚书去驻守通州。孙承宗入宫后，朱由检在平台召见，问孙承宗的退敌策略，孙承宗说说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是防守的好策略。但又听说尤世威回昌平，侯世禄驻守通州，有些不合时宜。朱由检问算守三河是什么意思孙承宗说河可以阻止敌人西奔，遏制敌人南下。朱由检觉得孙承宗的计策很好，又问要怎么保卫京都。孙承宗说急的时刻，不能让守城人忍受饥饿寒冷，整备好军备，犒劳将士们，巩固人心。孙承宗的计策朱由检都觉得很好，于是对孙承宗说以不去通州，就在京城总督内外军务，运筹帷幄。于是孙承宗让首辅韩爌修筑关防，又亲自到都城各处巡防，第二天半夜，朱由检突然传旨让孙承宗去守通州。孙承宗于是领二十七名骑兵出东便门，直奔通州，与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋固守通州。但不久之后，清军绕道直逼京都，孙承宗于是派遣尤岱率领三千骑兵支援，派遣刘国柱率领二千兵马与尤岱回合，调三千密云兵驻守东直门，五千保定兵驻守广宁门，又派人收复马兰、三屯二城。