四大同年十二月，袁崇焕因一系列罪行被下狱，将领祖大寿在城外与清军作战时被自家军队用炮石砸击，祖大寿进退两难，与副将何可纲率领五千人往东溃走。孙承宗得知后，急忙派遣贾登科带着自己的书信去抚慰祖大寿，又派石柱国抚慰其它将士。祖大寿却不为所动。但孙承宗也认为袁崇焕有罪，但仍然上书朱由检，力保祖大寿，说祖大寿不会真的反叛。孙承宗又派人让祖大寿上奏章说明自己为什么往东溃逃，祖大寿于是向皇帝朱由检上书，朱由检非常高兴，不怪罪祖大寿。而辽东将士大多马世龙部曲，朱由检命孙承宗移镇关门，溃逃的将领听闻孙承宗与马世龙到来，才安心回归。

崇祯三年，清军占据遵化、永平、迁安，又分兵攻取抚宁，抚宁是史可法在守，清军攻取不下，又转攻山海关，又攻不下，于是清军又攻抚宁及昌黎，可还是攻不下。而孙承宗抚慰溃军，祖大寿等重归于麾下，又有马世龙及四方援军，孙承宗又招募大量死士沿海守卫直达京师。

京都戒严后，全国各地来勤王的士兵多达二十万，在蓟门及京畿一带驻扎。马世龙于是建议孙承宗先收复遵化，但孙承宗认为遵化在北，容易攻取却很难守，不如收复滦州。计划好后，孙承宗于是令东西各营一起进兵。五月，祖大寿、尤世禄等攻克滦州，王维城等攻克迁安，孙承宗占据永平，谢尚政攻克遵化，清军溃败而走。皇帝朱由检于是加封孙承宗为太傅，再赐蟒服、金币等，子孙世袭锦衣卫指挥佥事。

孙承宗巡视松山、锦州等，上书朱由检关内外政事，朱由检全部采纳，又加孙承宗太傅，兼领尚书的封路，子孙世袭尚宝司丞，又赏赐蟒服钱币等。

同年七月，因先前高第尽撤宁锦防线，右屯、大凌河等城被毁，孙承宗派人对其进行重新修筑，但不久之后清军却突然来围攻。孙承宗赶赴锦州，派遣吴襄、宋伟前往救援，而辽东巡抚邱禾嘉多次改变出师的日期，导致吴襄、宋伟在长山被清军大败。十月，祖大寿投降，大凌河刚被修好就被毁。朝中大臣于是责怪孙承宗修复旧城导致失败，丧师辱国。孙承宗于是以病请辞。而后孙承宗在高阳城回乡居住。

朱由检吗，汉则孔明，唐则裴度。旧辅孙承宗前劳难泯，死义更烈。夏允彝吗，自有辽事，所用人，鲜能有胜任者。当时所望成功，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗为庶几而武臣如刘綎、杜松、满桂、祖大寿、吴三桂，其最着也。钱谦益吗，惟公之立人本朝，志在于正朝廷，清宫府，杜私门，破朋党。譬诸青天白昼，横目四足，皆仰其清明，而秋霜夏日，善人君子，亦惮其凛烈。小夫壬人，不寒而栗，视以为骨仇血怨，生挤而死排之，固其宜也。

“此人也是明朝重臣啊。”刘辩呢喃道。