万历五年，张居正回故乡湖北江陵葬父，路过高拱的故里，专程探望高拱，两人相见掩面而泣，感慨不已。临终前高拱写了四卷，记述张居正勾结冯保阴夺首辅之位的经过，将张居正描述为阴险刻毒的人物，大骂张居正又做师婆又做鬼，吹笛捏眼打鼓弄琵琶。

万历六年=七月二日，高拱在新郑家中去世，葬于县城北郊今阁老坟村。万历七年，以高某担当受降，北虏称臣，功不可泯，赠复

高拱不囿于先儒成说，以为其不能得者亦不可强从。直斥程朱理学远人情以为天理他很赞同同时代思想家王廷相的观点，认为理在事物，无其事即无其理。他对权字更有一套独到的见解，把权与经比作秤上的锤和衡，两者关系是盖经乃有定之权，权乃无定之经，无定也，而以求其定，其定乃为正也。即经是对立的统一体，凡事皆有经，其事实行时应认真权一下，使权与经得以统一。

在义和利的问题上，认为苟出乎义，则利皆义也苟出乎利，则义皆利，只要摆正义和利的关系，言利也不是不好，痛斥了君子不言利的迂腐观点。他还认为正因前人没有把握住这种关系，才造成经制之略置之不讲，善理财者不闻，祸国殃民。他自己十分重视理财，重视有关国计民生的政务，主张务实。他的学术思想正是他行使政务、取得政绩的思想根源。

朱载垕国家多事之时，先为社稷万年之计。乃通海运，乃饬边防，乃定滇南，乃平岭表。制降西虏，坐令稽颡以称藩威挞东夷，屡致投戈而授首。盖有不世之略，乃可建不世之勋然必非常之人，斯可济非常之事。

朱翊钧匡时，宏才赞理。当畿庭之再入，肩大任而不挠。位重多危，功高取忌。谋身近拙，实深许国之忠遗俗似迂，雅抱殿邦之略。幕画得羌胡之要领，箸筹洞边塞之机宜。化椎结为冠裳，柔犬羊于帖服。利同魏绛杜猾夏之深忧，策比仲淹握御戎之胜算。在昔允资定力，于今想肤功。高拱博大精详，渊宏邃密，经纶伟业，社稷名臣。……慷慨有为，公忠任事。迨殚内宁之略，益宏外御之勋。岭表滇南，氛净长蛇封豕东夷西虏，烟消堠鹭庭乌。洵称纬武经文，不愧帝臣王佐。

张居正师中玄高公，相肃皇及今天子有年矣。……虏从庚子以来，岁为边患，一旦震惧于天子之威灵，执我叛人，款关求贡。中外相顾骇愕，莫敢发。公独决策，纳其贡献，许为外臣，虏遂感悦，益远徙，不敢盗边。所省大司农刍粟以钜万计。曹、沛、徐、淮间，数苦河决。公建请遣使者按视胶莱河渠，修复海运故道，又更置督漕诸吏，申饬法令。会河亦安流，舳舻衔尾而至，国储用足。是时方内乂安，四夷向风，天下歙然称治平矣。公虚怀夷气，开诚布公。有所举措，不我贤愚，一因其人有所可否，不我是非，一准于理有所彰瘅，不我爱憎，一裁于法有所罢行，不我张弛，一因于时。……身为相国，兼总铨务，二年于兹。其所察举汰黜，不啻数百千人矣。然皆询之师言，协于公议。即贤耶，虽仇必举，亦不以其尝有德于己焉，而嫌于酬之也即不肖耶，虽亲必斥，亦不以其尝有恶于己，而嫌于恶之也。少有差池，改不旋踵一言当心，应若响答。盖公向之所言无一不售者，公信可谓平格之臣已!