后来朱浮作战有功，升任偏将军，跟随刘秀攻下了邯郸。此时刘秀派吴汉刺杀了更始政权幽州牧苗曾，任命朱浮为大将军幽州牧，镇守蓟城，负责征讨北方。注意啊，刘秀当时根本就没有多少地盘，幽州几乎是他唯一的比较完整的辖区，看来刘秀对朱浮的信任别人比不了啊!建武二年，在功劳不明显的情况下，朱浮被加封为舞阴侯，食邑三个县。朱浮表现得很有才干，很想快出政绩，他征召了涿郡王岑等人作为从事，王莽时候的两千石官员也全部征召，给他们很高的待遇，弄得财政非常紧张。

光武帝刘秀对手下人就很大方，随便封个侯就是几千户，朱浮的作法显然和刘秀一脉相承，那就是高官厚禄收买人心。但渔阳太守彭宠有不同见解，他认为天下未定，军旅正兴，不应该任命很多官员，应该把有限的财力投入到战争中去。从行政级别来看，渔阳太守彭宠是幽州牧朱浮的下属，但彭宠有大功于刘秀，在刘秀极其困难的情况下，彭宠归顺了刘秀，使刘秀有了一个立脚点，刘秀的很多将领包括大司马吴汉都来自渔阳，原来都是彭宠部下，所以彭宠自恃有功，有点桀骜不驯。此时如果朱浮能够采取比较温和的措施完全可以避免事态恶化，但朱浮没有这样做，他以峻文诋之，相当于把彭宠教训了一顿。彭宠这人也谈不上有多倔强，但他认为朱浮对他的这番教训应该是刘秀授意的，是刘秀告诉朱浮对他不用客气的。朱浮密报刘秀，说彭宠遣吏迎妻而不迎其母，又受货贿，杀害友人，多聚兵谷，意计难量。

刘秀非常讨厌彭宠，彭宠这人像个钻心虫，别人的心理根本瞒不过他，刘秀做人已经算比较光明的了，但在彭宠这双鹰眼面前还是感到不自在，彭宠对此也心知肚明。彭宠知道朱浮告他黑状之后，认为已经无路可走了，于是举兵进攻了朱浮。朱浮给彭宠送来一封信，其中的思维方式绝不是朱浮应该具有的，那是光武帝刘秀的思维方式，往时辽东有豕，生子白头，异而献之，行至河东，见群豕皆白，怀惭而还。若以子之功论于朝廷，则为辽东豕也。今乃愚妄，自比六国。六国之时，其势各盛，廓土数千里，胜兵将百万，故能据国相持，多历年世。今天下几里，列郡几城，奈何以区区渔阳而结怨天子此犹河滨之人捧土以塞孟津，多见其不知量也!

这事瞒不过彭宠，他原来的怀疑得到了证实，马上大举进攻朱浮，同时联合了涿郡太守张丰，朱浮腹背受敌，形势危急。朱浮原本以为刘秀一定会亲征，没想到刘秀只派来了游击将军邓隆，朱浮赶紧上书刘秀，要求刘秀立即出兵。实际上刘秀确实想出兵营救朱浮，但是当时洛阳附近也出现了变乱，大臣们认为不能舍近求远，刘秀临发兵又变了主意，他让朱浮加强防守，自己麦收后再来。朱浮防守经年，城中粮尽，人们易子而食，正赶上上谷太守耿况派兵来救，朱浮趁势突围，到达良乡的时候，自己的手下又叛变了，朱浮杀掉了自己的妻子，孤身遁逃，勉强生还。蓟城投降了彭宠。

尚书令侯霸认为朱浮败乱幽州，构成宠罪，徒劳军师，不能死节，罪当伏诛。刘秀没有杀朱浮，还任命他为执金吾，加封父城侯。哎呀，不杀也就罢了，为什么还要重用呢原因只有一个，那就是朱浮基本上是遵照刘秀的旨意做事的，所以有罪也不能杀，此后再也没有派朱浮带兵打仗。

光武帝刘秀对自己要求严格，对别人也严格，还有点信不过别人，他派出的地方官只要有一点过失，立马罢官，这样一来官员们换来换去像走马灯一样，老百姓也不得安宁。建武六年，发生了日食，朱浮趁机上书光武帝，他认为天下非一时之用也，海内非一旦之功也。愿陛下游意于经年之外，望化于一世之后，天下幸甚。说白了就是你别犯急性病，耐心点，地方官至少也得让他干满一年。给光武帝刘秀提意见风险挺大，一般人都不敢，但朱浮不怕，并不是因为朱浮胆子比别人大，而是他知道光武帝信任他，他是他的嫡系。原来的时候，地方官是否称职都要由三公讨论，三公各有属官，他们负责具体考察，三公就可以决定地方官的任免了。但光武帝信不过别人，他把用人权收归自己，全靠自己的察言观色来确定人选，然后派人监视，这个方法有点类似明太祖朱元璋的厂卫特务制度。

朱浮上书光武帝，他认为这个方法不好，应该耐心点，传曰年再闰，天道乃备。'夫以天地之灵，犹五载以成其化，况人道哉!臣浮愚戆，不胜惓惓，愿陛下留心千里之任，省察偏言之奏。建武七年，朱浮升任太仆，他再次上书光武帝，要求加强文化事业，得到光武帝的支持。建武二十年，朱浮接替窦融当了大司空，两年后由于别人的事受到连坐，免官，三年后，改封新息侯。