“果然如此！”崇祯咬了咬牙，“与魏忠贤结党，参与杀戮的太监查清楚了吗？”
“情况十分复杂。不过，逆阉中有个叫刘若愚的声称，他只在李永贞门下抄写文书，与逆阉并不一心。为了将来能讲清事实真相，特著有《酌中志略》一书，详细记录了各阉始末。微臣仔细看过，与掌握的情况基本吻合，且其语甚详。”姚士慎双手托书，交给崇祯，“皇上！如果能让他续完此书，对案审非常有利。”
“噢！”崇祯接过来，“累臣若愚，死罪死罪，叩首叩首……许大题目其谁知之？先帝在天，能无恫乎？言之可为痛哭，知之安忍不言？愧黔技止此，未敢侈为完书，而知我罪我，后世自有公论。总之，臣子大义在，若愚不忍终默者也。若愚既已失身中涓，焉敢没其口吻……在累臣一介性命，岂足干天地之和？当圣明解网泣罪之朝，岂宜有飞霜致旱之枉？百世而下，宁不令吊古者笑秉钧司礼之非其人哉！‘若有兔爰爰，雉罹于罗’，若愚之谓也。”
“若有兔爰爰，雉罹于罗。”崇祯沉思一下决定，“既然如此，就叫他实事求是完善此书，戴罪立功吧。”
“遵旨！”
看姚士慎去了，朱由检拿起杨维垣的疏本，扔进纸篓。哼！居然还要攻击正人君子，先给他一个巴掌再说。他不慌不忙地批示：“韩爌、文震孟清忠有执，着起用。”
崇祯想了想，呼小语进来：“传朕口谕：‘朕总览人才，一秉虚公，诸臣亦宜消融意见，不得互相诋訾。’”见小语要走，想起皇嫂的建议，崇祯连忙又吩咐：“把先皇时的疏本全部调来，朕要仔细研究。”
倪云璐正在看邸报，见皇上写“韩爌、文震孟清忠有执，着起用”。哈哈！有门道。趁热打铁，我就再上一本看杨维垣怎么回答。他提笔就写《因杨维垣疏斥复言》：“臣陈‘世界已清’一疏，原为台臣杨维垣而发也。据维垣折，臣盛称东林盖以东林之尊李三才而护熊廷弼也。然亦知东林中有首忝魏忠贤‘二十四罪’之杨涟；提问崔呈秀，欲追赃拟戌之高攀龙乎？若以今日之事言之，以魏忠贤之穷凶极恶、积赃无数，而维垣犹尊之曰：‘厂臣公、厂臣不爱钱、厂臣为国为民。’而何责乎于三才？以‘五虎’‘五彪’之交结近侍，法当处斩！奉有严纶，而初拟止于削夺，维垣不闻驳正，又何尤于昔人之护廷弼者乎？而以臣为谬，臣不受也……
总之，东林之取憎于逆珰独深，受祸独酷。在今日，曲原其被抑之苦，不当毛举其纤介之瑕。而扬扬之徒与逆珰以首功，反代逆党而分谤。斯亦为不善立论者矣。”
倪云璐的反击非常有力。
杨维垣家中，叔侄二人正在生闷气。没想到，崇祯竟启用了韩爌、文震孟，还赞扬他们“清忠有执”，明明冲着杨维垣的疏本来的嘛！结果，让倪云璐抓住要点大肆宣扬，弄得自己灰头土脸，好不气馁！眼看着《东林党人榜》上有名的官员不但官复原职，甚至还升了官，难道皇上支持东林党？但是，为什么耿如杞、胡士容、方震孺、惠世扬、李柱明这几位颇有争议的人，还在那儿关着呢？还有，召回的大臣中，又有许多阉党分子，不要说姚宗文，甚至霍维华早就是魏忠贤的人了，他怎么也回来了？还有，崇祯的“朕总览人才，一秉虚公”，那么，皇上总览的是谁？“诸臣亦宜消融意见，不得互相诋訾”，究竟表达了什么意思？现在，连徐大化也糊涂了。
“干脆连倪云璐也拖进去，就说他又想开玄黄之战。”杨维垣再上一本：“云璐一疏，再陈不以通内为对案，而徒以崔、魏为对案，臣万万不敢谓然。云璐望气占风，必率天下东林然后已，硬执小人为君子。臣恐所用之人能不主先入，不肯跃冶。如科臣傅槲者，正不多得，而追理前非，争衡今是，玄黄之战已有时哉。”
崇祯批：“报闻。”
大兴县知府饶可久，早就想为杨涟、左光斗平反，他上疏：“讼故副都御史杨涟之冤，且乞改三典。”
帝批：“不从！”并以疏中误以献皇帝为宪宗，是为大不敬，降二级。
阮大铖本来有点气馁。没想到帝批“不从”，原来皇上没有支持东林党嘛。他连忙上疏：“天启七年以内，诸奸先后通内乱政，先有呈秀结交近侍者，尤自神奸汪文言等之通王安始。王安首开揽权擅政之端，然后才有忠贤大肆滔天撼地之毒。自辛酉至甲子，汪文言为乱政之首，而自乙丑至丁卯，崔呈秀乃助逆之元凶。伏乞立震天威，将呈秀、文言并行戮尸，王安之祠亟为折毁。仍将诸奸前后罪状宣付史馆，布告天下，以为万世人臣交结近侍者之戒。”
好家伙，阮大铖居然把王安与魏忠贤并案，崔呈秀与汪文言并案了。
崇祯批：“报闻。”
又是“报闻”，怎么会这样？倪云璐急了。万一皇上批复了怎么办？不行！机会只有一次，不能再等了，他上疏大声疾呼：“《三朝要典》成于逆监，逆监杀人，则借‘三案’。群小求富贵则又借‘三案’，故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父。批根今日，则众正之党辈免死，他年即上公之铁券。由此而观：‘三案’者，天下之共议；要典者，魏氏之私书。以臣所见，惟毁之而已。
假阉竖之权，后吏臣之笔，亘古未闻。当毁一；未易代而有编年，不直书而加论断。若云规模大典，则魏忠贤欲与肃皇帝争稚，悖逆非伦常。当毁二；矫诬先帝伪撰宸篇，既不可比司马光《资治通鉴》之书，又不得援宋神宗手序为例，假窃诬妄。当毁三。”
“批根今日，则众正之党辈免死，他年即上公之铁券。”崇祯仔细咀嚼这句话后，不得不承认，如果不毁要典，死难的正人将永无翻身之日。然而，等到真的毁要典，又有点犹豫不决，毕竟，是先皇哥哥定下的呀！正犹豫着，小语满头大汗，急匆匆跑了进来：“皇上，黄尊素的儿子黄宗羲进京了，同来的还有杨涟的儿子、周顺昌的儿子，他们往刑部喊冤去了。”
“到刑部喊冤？”
“说是为父伸冤，现在京城里到处议论纷纷，都想知道朝廷怎么处理这件事呢。”
“哦？快去看看。”主仆二人换上便衣连忙往刑部去了。
黄宗羲进京了，他身穿孝服，头扎“为父伸冤”的布带一路北上。沿途有魏大中的次子魏学濂、袁化中的儿子袁勋、周顺昌的儿子周茂兰、杨涟的儿子杨之易闻风同聚。他们过长江、渡黄河，终于来到北京，现正跪在刑部大堂前。看着地上铺着的白纸，围观的市民一层又一层，正议论着。
“爹！你死得好冤呀！”黄宗羲猛地咬指化血，也不管血流如注，边写边不断惨叫，连呼冤枉。痛不欲生的黄宗羲挥手疾书：“爹！爹！魏忠贤伏法了，您的冤屈还没有伸，那些害你的人还逍遥法外。爹！爹！孩儿为您伸冤来了。爹！爹！孩儿发誓，不把奸佞绳之以法誓不罢休。”真是：
乳虎乍逢，尽洒苌弘之血；
苍鹰所击，皆含杜伯之冤。
看着这一群烈士的后代，看着群情激奋的北京市民，崇祯热血喷涌，他的正义感被激发了。不行！这些年发生的事情惊心动魄，国家、民间遭受的摧残罄竹难书，总该给死难者一个交代，给国家一个交代吧？如果不能拨乱反正，国家正气又从哪里来？崇祯终于下定决心：“已有实录，自不必复增要典。礼部会史馆诸臣详议具奏！”
礼部随即去史馆详议，于是，所有人都把视线投向礼部，而利害双方也在为这最后一搏努力。
孙之獬坚决要求要典不可毁。他在翰林院痛哭失声，弄得全院的人都来看笑话。结果，还被院长斥责，于是，他一怒之下，辞官回家了。
太仆寺少卿徐景濂拼命了，他推荐冯铨，同时要求纠刘一燝之恶、熊廷弼之奸、孙慎行之横，具载《三朝要典》中。
霍维华更是力主不毁之说，结果被揭发：他为魏忠贤的“五虎”之一，崔呈秀是山头虎，霍维华是云中虎。原来如此！哈哈！哈！
不必再争了！这么多天夜以继日地工作，崇祯几乎看遍天启年的奏疏，详细阅读了刘若愚的《酌中志略》，终于查清楚这几年发生的事件的原委，也知道正人君子所受的苦难。看到阉党分子还这么嚣张，朱由检怒发冲冠，他奋然下旨：“《三朝要典》一书，原不能于已明之纲常，复加扬阐、徒尔刻深、传会偏驳不伦，朕无取焉。可将皇史内原藏一部取出毁之，仍传示天下各处官府学官，所有书板尽毁不行。自今而后，官方不以此书定臧否，人才不以此书定进退。”
天真的晴了！
崇祯元年五月，刑部审理东林君子被害案。烈士后代们列席。只听见惊堂木一拍，刑部堂官大声喝道：“嘟！大堂之上明镜高悬。案犯许显纯还不快老实交代！当年你是怎样谋杀忠良的，从实招来！”
“犯官乃万历孝靖皇后外甥，求求大人！请予减刑！”亲手残害东林君子，双手沾满鲜血的许显纯知道自己罪孽深重，他只能连连磕头，大哭求饶。
黄宗羲再也忍不住，严辞斥责道：“你与魏阉构难，害忠良尽死其手，就当与谋逆同罪。谋逆罪就是亲王也要服诛，况皇后之外亲？你血债累累，罪孽深重还想逃脱？”黄宗羲咬牙切齿，他猛地从袖中抽出一柄铁锥，刺向许显纯，大喝道：“我看你招还是不招！”
锥锋至处，血流遍地，吓得许显纯伏地连连叩头：“愿招！愿招！”他迅速地在供词上摁了个手印，瘫倒在地。
“还有你，李实！”黄宗羲从袋中取出三千两银票，抛在李实脚下，轻蔑道，“今日何日，你还要拿银子贿赂公行，你的辩词可信吗？”
原来，李实曾托人给黄宗羲送银三千两，乞求不要再追究他。见黄宗羲把银票抛在地上，又举着铁锥指着自己，李实吓坏了。他膝行着爬到宗羲的脚下，连连磕头求饶：“小爷！小爷！真是魏忠贤指使别人冒充我的名字在空疏上填写的呀！小爷！小爷！饶命呀！”
“哦？那‘别人’是谁？快说！”
“就是他！”李实手指李永贞，“是他和刘若愚一同密谋，假手周起元大人，害你爹的。”
“不不！不！”李永贞吓坏了，他连连摇手，“就是李实，他要有司行下属礼，为的是与地方为难。松江知府同知杨姜不肯交出署印，被他以坐赃罪削职。应天巡抚周起元大人三疏救杨姜，李实恨之入骨。加上周大人劾朱童蒙纳贿，朱童蒙就和李实合谋，陷害几位君子的。小人句句属实！句句实话！”
“胡说！绝无此事！”李实狡辩。
“还胡说！你怕延缓岁月或至免死，还差人进方物给魏忠贤，密嘱镇抚司谋杀大人。小爷！此都是李实构之于外，刘若愚构之于内，许显纯毒心辣手杀的人呀！”
“李永贞！你说我构之外，你难道没构之内？”李实吓坏了，拼命为自己解脱。
“够了！李实！当年，魏奸害爹时，你怎么没辩？现在还想逃脱罪名？”黄宗羲举起铁锥，向天高叫：“爹！您在天之灵，看宗羲怎样为您报仇！”他转身刺向李实。
见铁锥刺来，李实吓瘫了，哭叫着：“愿招！愿招！”伸手就往状子上摁了下去，他画押认罪了。
刽子手许显纯等被判死刑。受刑之日，黄宗羲带领被害者子弟一同来到诏狱，设坛祭祀父亲。黄宗羲走进关过父亲的牢房，依恋地看着。只见墙面阴暗潮湿，只有一扇小小的窗子，给牢中带来一丝明亮。墙上到处都是斑斑血迹，似乎在告诉来人，当年东林君子们在这里遭受过怎样的折磨与宁死不屈地抗争。
“爹！”宗羲凝望着它们，似乎又看见了父亲的音容笑貌。他忍不住把脸贴在墙上，闻着父亲留下的气息，似乎又回到父亲的怀抱。“爹！终于昭雪了！”宗羲抚摸着拥抱着父亲留下的遗迹泣不成声，牢房内外哭声一片。
良久，黄宗羲停止哭泣，他把众狱卒召集在一起：“你等作恶，虽属受人指使，但罪责难卸。只要你等讲出谁是杀害家父的凶手，其余免究。”
“就是他！”狱卒齐指叶咨和颜文仲，“是他们亲手用毒药害死黄公的！”
二狱卒连忙跪倒在地，大喊：“饶命！”
“恶贼！岂可饶你！”黄宗羲抽出利锥猛刺，只一会儿两个狱卒就一命呜呼了。又看到崔应元吓得抖成一团，黄宗羲冲上去就是一顿痛打。见他居然还长着胡须，一把将其拔下放到祭坛上。祭奠开始，众弟子哭声震天。
哭声传入宫内，崇祯连连叹息：“忠臣孤子，甚恻朕怀！”
崇祯二年三月，《钦定逆案》颁行天下，共有二百六十二人受到了惩罚。其中：
魏忠贤、客氏判磔死。崔呈秀、李永贞、李朝钦、候国兴、魏良卿、刘若愚（后特赦）等六人凌迟处死。田尔耕、许显纯等十九人秋后问斩。其他人如魏广微、霍维华、阮大铖、傅应星、李实等一百二十九人充军。大学士黄立极、施凤来等四十四人罢官。时人感叹：
狼贪虎噬气何豪，恶贯满盈赴市曹；
最是千年遗臭在，书生笔底秽名标。
九月，崇祯下诏：“已故诸君子追赠荣衔、官职和谥号，谥号中都加‘忠’字。”其中：
高攀龙加赠太子少保兵部尚书，谥忠宪，追封四代；杨涟加赠太子少保、兵部尚书，谥忠烈，追封四代；周起元赠兵部左侍郎；周顺昌、魏大中、万燝、袁化中、周朝瑞、周宗建俱赠太常寺卿；缪昌期赠詹事府詹事；左光斗赠都察院左副都御史；刘铎、顾大章、吴裕中、李应升、黄尊素、夏之令俱赠太仆寺少卿……
诏下，被藁葬荒丘的东林君子，得以列石坟前，重叨谕葬；被禁锢的子孙脱去囚衫，换了衣冠，为父改葬。他们设祭坛拜读诏书，宣示皇仁，岂不可荣可羡？那些过往的乡人、朋友、路人，哪个不啧啧赞叹：“这是忠臣之墓。”时人感叹：
死忠原是完臣节，岂为褒封纸一张。
却喜大奸新伏法，殊恩荣赐九泉光。
挹九峰之苍翠，瞰太湖之波涛，被誉为江南第一峰的惠山，正为忠魂归来而舞。朝廷派员慰问，乡绅、百姓一同迎接，高攀龙被赐移葬在惠山脚下。
人们赞誉他：
君子无所争，立纲常扶名教。
大臣不可辱，感天地泣鬼神。
崇祯二年，皇帝下诏：“提学官将各地书院宜表彰者尽行修复。”东林书院得诏旨修复。
一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤。
这就是东林党与东林书院的故事。