郑成功一下子拒绝了，他怀疑叔父也与清军相通，如果贸然入城，说不定遭到毒手，他派人前去对郑鸿逵说：“不杀虏，无相见期也。”

在郑氏集团内部，郑鸿逵与郑成功两大势力虽然互不相属，但是之间的合作亲密无间。

在郑成功的叔父中，郑鸿逵是最欣赏郑成功的，在郑成功还是小孩的时候，郑鸿逵对他颇为心疼，称他为\"吾家之千里驹”，在郑芝龙意图降清时，也是郑鸿逵暗中嘱咐郑成功秘密率一支军队离开安平前往金门，这样郑成功才得以避免同父亲一同前往清营而惨遭扣押的命运。

在郑成功安平起兵后，又是郑鸿逵援助他一起攻打泉州城，到了潮州之后，两人携手开拓潮阳、揭阳根据地，这些时间的合作里，郑鸿逵与郑成功之间从来未产生任何矛盾，郑成功对他这位叔父也非常尊重，在他率军南下勤王之际，还请求郑鸿逵北上厦门岛协防，可见他对叔父没有任何防备之心，相当信任。

这次郑鸿逵私下放走马得功的清军，与郑成功之间开始产生矛盾，致使郑成功怀疑他与清军有秘密往来。

郑成功的怀疑并非没有道理。

在那个年代，今天是南明将领，明天成为清军将领的情况，实在是太多太多，这也是南明政权屡战屡败的原因。这里还有另一个原因引起郑成功的怀疑，那就是侵犯厦门岛的马得功曾经是郑鸿逵的部将，那是在弘光政权的时候，当时郑鸿逵守卫采石矶，以右军都督挂镇海将军印，马得功是标下守备，所以两人不仅相识，而是有过比较密切的关系。

郑成功身上武士的荣誉感以及国破家亡所带来的强烈的复仇感，使他从一开始就是最坚定的抗清斗士，无论时局如何危恶，无论处境如何困难，甚至连父亲作为人质落入清军之手，都无法改变他浴血坚持的决心，所以他绝对无法容忍叔父郑鸿逵有降清的倾向。

郑鸿逵心知隔阂已经产生，而他在此事上也确实犯下不可饶恕的错误。他决心以行动来证明自己的清白，他命令军队撤出中左所城，移驻白沙，这个地方离南安石井十里，离安平三十里。同时给郑成功写了一封信：“马虏在于清，重以母命故耳。不然，我亦何意何心也？侄有疑吾之言，不亦错乎？”

郑鸿逵部撤出中左所后，郑成功才率舰队入厦门港，在澳仔港扎营，并且召集高级将领讨论厦门失守的功罪。

在厦门的抗击清军入侵的将领中，以施郎功劳最大，虽然他是以休假的名义返回厦门，手上并没有军队，但仍然凭借数十人的力量，对清军展开反攻，因而成为厦门之役中表现最好的将领，郑成功赏赐给施郎纹银二百两。但施郎坚决不受，他认为厦门岛失守，而且清军又得以全军而退，实无理由接受赏赐。

郑成功说道：“虏先渡海，水陆失守。该镇假回闲员，目击虏氛，身率数十人与虏对敌，追逼城下。使蓝登水陆诸人如是，虏无只还矣。功而不赏，罚将何施？”

赏赐完施郎等人后，郑成功开始清算失守厦门的责任人。

首先是镇守厦门的主将，郑成功的从叔郑芝莞。郑成功命人将郑芝莞押进来，怒责道：“我南下勤王时，你自请提调水师陆师，并信誓旦旦若守备有失，将付军令处置，今日你且有何言？”

郑芝莞料想自己既是郑成功的从叔，又是从郑联手中谋取厦门岛的功臣，虽然失职，郑成功也不可能严惩他，便将责任推卸到海军将领阮引身上。

郑成功大怒道：“水师未败，而汝先搬物，身在船上矣。”

立即喝令左右，将郑芝莞推出斩首。

众位将领听罢大吃一惊，纷纷上前求情，郑成功不为所动，下令立即执行，不一会儿功夫，一颗血淋淋的脑袋献于阶下，众将悚然。

郑成功又下令将郑芝莞的人头悬挂示众，三日方许收葬，并且严厉警告部下：“本藩铁面无情，尔诸勋臣镇将各宜努力，苟不前进怯敌，本藩自有法在。”

杀了郑芝莞后，郑成功继续清算其他守城将领，海军将领前冲镇阮引在清军来犯时不战而逃，责任重大，被处以死刑；另一位将领后冲镇何德被杖责一百二十棍，革职，他的副将杨升也被处死。

南下勤王战役中表现杰出的万礼出任前冲镇指挥，另一位将领陈朝接管后冲镇。

在南明的搞清力量中，无论是以前的弘光政权、隆武政权，还是鲁监国政权，或者永历政权，都存在内部势力相互倾轧的现象，窝里斗现象十分严重。

郑成功杀郑联、逐郑彩也是南明势力之间的内斗，然而自郑成功计取厦门岛，成为东南最大的一支抗清力量后，他开始树立起自己在军队中的绝对权威，严肃军纪。

在郑成功集团内部，文人与武将之争，清流与阉党之斗不复存在，他牢牢地控制住军队，他杰出的领导才能开始显现出巨大的威力，并很快使这一支抗清的力量完全不同于其他南明军队，他毫不妥协的抗清姿态与坚忍不拔的意志，使他很快成为清廷最可怕的对手。

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