清军乘胜追击，南京城内的清军水师也蚁集蜂拥而下，直扑郑军的水师。郑军的左冲镇担任抵御清军水师的任务，左冲镇在极为危急的时刻，出色地完成阻击任务，并且挽救了观音山一带数千名残余郑军士兵的生命。

庞大的舰队缓缓地启航，向东行驶，所有的人都垂头丧气。南京城下的失利，不仅使克复南都的梦想破灭，而且更严重的是，在南京城上游的张煌言部与郑成功的主力被分割开。南京战役的失败，清军开始反扑，原本归顺于郑军的各城邑又纷纷降清，使得张煌言部的处境急转直下，最后这支深入敌境的勇敢军队，成为一支孤军，在清军的打击下，最后遭致失败。

七月二十四日，郑成功撤退到了镇江，他叹道：“是我欺敌之过，轻信余新所致也。然胜败常事，亦何虑焉？”虽然郑成功以\"胜败常事\"来宽慰自己的部将，但是南京一役，不仅伤亡惨重，而且损失了好几位最优秀的指挥官，这些损失，在远离郑军基地的情况下，是很难得到补充的，而且在长江南北两岸，绝大多数地区仍然是清军控制区，清军仍在集结准备再次反扑，面对此险情，郑成功决定先将军队撤出长江，保全实力，然后再徐图进取。

郑军舰队驶出长江，于八月八日驶至崇明港。在这段时间里，郑成功一方面想与清廷议和以缓解军事压力，一方面准备选择一个进攻的目标，以向清军显示自己的实力依然强大，他决心要攻克崇明，以作为郑军在长江口的一个战略据点。

八月十日，郑军登陆崇明岛，包围崇明城，并将船上的火炮抬上岸，准备强取崇明。十一日清晨，崇明战役打响。郑军的火炮发出刺耳的轰鸣声，从早晨到中午，崇明城的西北角被郑军的火炮炸开，城墙崩倒数尺，倒塌的城墙填满城外的河沟。郑成功见状，下令登城进攻，清军守将刘国玉、陈定等人坚守不退，战斗进行得十分惨烈。

正兵镇的将领韩英奋勇登梯，但是却被清军的鸟铳击伤左腿，从云梯上跌下，身负重伤。清军占据城头，矢石夹攻，箭如雨下，在战斗力，监督王起俸也被清军的火铳所伤。攻城战陷入相持之中，郑成功原本想一举攻克崇明城，以鼓舞全军士气，不想在城下却损兵折将，士兵们还没有走出南京败战的阴影，士气低落。

在这种情况下，郑成功只得鸣金收兵。身负重伤的韩英、王起俸等将领先后因失血过多而去世，此时，右武卫镇指挥官周全斌对郑成功说：“此城深沟高垒，梁化凤请加守援，已难攻拔，况官兵被创之余，昨日韩英被伤，闻者寒心，无意恋战。且得此孤岛，亦是无益。不如暂回旧汛休养，号召精锐，侯明年再进长江，以图大举，未为晚也。”

郑成功见全军上下，殊无斗志，看来也只能先返回厦门根据地，再作计议了，他留下一部分兵力驻扎在浙东及福建沿海岛屿上，其余兵团于九月初返回厦门岛。

轰轰烈烈的北伐之役，最终以失败而告终。

这一战，是南明势力对清廷最后一次反扑，也是对清军威胁最大的一次军事行动。如果郑成功能克复金陵，那么东南半壁江山仍然有光复的可能性，然而世事难料，这次伟大的进军，竟功败垂成，离成功只差那么一点点，徒留给历史无穷的遗憾。

1659年是南明史上重要的一年，郑成功的大进军受阻于南京城，而西南的抗清力量也陷入危局中，这年清军兵分三路，击破大西军的大本营云南，迫使李定国奉永历帝窜入缅甸，西南的抗清力量基本上瓦解。在李定国退入缅甸之后，郑成功已经成为中国境内抗清的最大力量，清政府决定乘郑军兵败之机，一鼓作气，攻克郑军的老巢厦门岛。

一波未平，一波复起。郑成功能否在此危局中，力挽狂澜，击退来犯的清军，捍卫厦门岛呢？正所谓沧海横流，方显英雄本色，在兵败南京、士气凋零之际，郑成功又如何死处求生、绝地反击呢？

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