荷兰人的侵略行径激怒了中国政府。1623年，中国主战派官员南居益出任福建巡抚，开始筹划武力收复澎湖岛。荷兰人在澎湖的军事力量约有十二艘船与一千名士兵，荷兰人希望得到日本、东南亚一些国家的援助，特别是华人海商巨头李旦的援助。虽然李旦在中国官员眼中是个非法走私分子，但是福建巡抚南居益还是积极与他联系，希望将李旦争取到自己这一方。

李旦选择了中立，这对南居益来说，已经是最好的结果了。1623年年底，南居益武力收复澎湖岛的计划开始实施，中国舰队与荷兰舰队在台湾海峡展开海上厮杀，中国军队焚毁击沉了一艘荷兰舰船，击毙八人，俘虏五十二人，其中包括荷兰将领高文津，除此之外，还有一部分荷兰人溺水而亡，大批物资随船沉入深不可测的海底。

1624年初，南居益再次发动进攻，登陆澎湖岛北部的吉贝屿、镇海屿，并在镇海屿修筑城堡，以作为南下出击澎湖岛的军事基地。这次中、荷的军事冲突严重地影响海上贸易的正常运行，郑芝龙受李旦之命，以翻译的身份抵达澎湖岛，虽然李旦并不给荷兰人提供武装支援，但他与荷兰人仍要保持海上贸易的合作。郑芝龙的任务很可能是对台海战局进行军事评估，有时他也率船队袭击掠夺贸易竞争对手的船只，特别是与西班牙贸易往来的船只，荷兰人与李旦同样仇视西班牙人。

五月，南居益加强了进攻的力量，准备先攻打荷兰人的船队，再攻打澎湖岛上的堡垒，进而困死荷兰人。郑芝龙可能就是在五月前后撤离了澎湖岛，返回到平户，他可能已经判断荷兰人必败无疑。到了七月，中国军队已是必胜之局，荷兰人选择了投降，拆除了岛上的军事设施，退出澎湖，后来转移到了台湾岛的南部。

郑芝龙在李旦的海商集团中崛起，这是他事业的开端，但对他影响最大的人，并非是李旦，而是平户的另一位华人英雄颜思齐。

颜思齐的老家是漳州海澄，是当时中国惟一开放港月港的所在地。在明代中期，漳州人入海为盗的数量很庞大，因此这里民风剽悍，不乏好勇斗狠的亡命之徒。颜思齐也是习武出身，后来被官宦人家所辱，一怒之下打死官宦家的仆人，闹出人命，闯了大祸。幸好这里是中国最繁忙的海港，每天都有船驶向大洋，颜思齐躲在船仓之中，经过辗转到了日本的平户，避开了仇家与官府的追杀。

到日本后，颜思齐最初以裁缝为业，后来也投入海上贸易的暴利行业之中，经过数年的积累，他也成为平户有名的富翁。颜思齐与李旦是平户华人海商中最著名的两个，但两人的志趣并不尽相同，李旦是纯粹的商人，而颜思齐则象是传说中的梁山泊英雄一样，有着远大的政治抱负。他几乎也是以英雄人物的行动规范来要求自己，仗义疏财、性情豪爽，这使他在平户华人世界中赢得了尊重，无论是商人还是海盗，都对他敬佩有嘉，甚至他也赢得了日本当地政府的重视，被任命为甲螺。

但这点成就对颜思齐来说，简直是微不足道，他雄心勃勃，想建立一块中国人的海外殖民地。海上贸易的暴利虽然十分诱人，但是日本始终是中国政府明文规定的出口禁运国，在中国政府眼中，这帮暗地里与日本人贸易往来的华人海商就是一群海盗，一群走私分子。即便华人海商腰包里的银子鼓起来了，也改变不了非法海上贸易的现实。

颜思齐有一个非常大胆的想法。中国政府之所以禁止与日本通商，是因为日本长期以来留给中国人恶劣的印象，明代中期中国沿海的倭寇之乱就造成了巨大的灾难，虽然这些所谓的倭寇有时只是中国的海盗；丰臣秀吉时代日本发动朝鲜战争，中国军队入朝对日作战；这些历史都告诫着中国政府，日本人是靠不住的。颜思齐是那个大航海时代所涌现出的富有冒险精神的人物，他的想法是：如果日本的政府是由一群中国人来控制，那会怎么样呢？由中国人来领导日本人，那又会怎么样？

一个美好的蓝图出现在颜思齐的脑海中，由华人领导的日本政府，对中国的威胁将不复存在，中国政府将会修改、调整政策，日本作为中国禁止对外贸易国家的历史将被终结。到了那个时候，在日本的华人海商们，将摘去\"非法”、“海寇\"等可耻的帽子，不用在海洋上面对中国的官方兵船而躲躲闪闪，中日之间的贸易额将会成倍地增长，财富与利润将源源不断。对颜思齐来说，财富永远只是居第二位，他本质上是一位爱国主义者，他的人生信念是\"建立功业，扬中国名声”，面对荷兰人、葡萄牙人、西班牙人在东亚及东南亚的扩张，中国政府却仍然关起大门，对侨居在日本、东南亚一带的华人采取不理不睬的态度。政府的保守，使得海外华人只得依靠自己的力量，来重振中国在海外的影响力。

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