郑芝龙没有忘记对自己的基地台湾岛进一步开发，1628年，即崇祯元年，闽南地区遭到大旱灾，由于饥民太多，难以安置，郑芝龙便乘机向熊文灿提议，招纳泉州、漳州数万名灾民，前往台湾岛垦殖，每人发给三两银，三个人发给一头牛，让他们在台湾岛上建立家园，开垦荒地。

这是开拓台湾的一个重要事件，是继颜思齐之后，更大规模的一次开发台湾岛，岛上肥沃的土地、适宜的气候，使得这里一亩地的收成，竟然两倍于大陆，灾民们摆脱了饥寒交迫的窘境，而郑芝龙也坐享其成，收取了大量的田租，这使得其财富更是扶摇直上，这也确保了他对庞大的私人军队的绝对控制权。

郑芝龙的的舰队，是从郑和组建西洋舰队以来二百年内中国最强大的海上力量。在世界进入大航海时代后，这也是一支太平洋西部海域无人可以匹敌的势力。但是郑芝龙身上带有很明显的中国的特点，在数千年的传统观念中，中国之外的土地，都只是蛮夷地带，这些海外的广阔土地，根本不值得去占领，这种观念也是殷海光所说的\"自足文化系统\"的一部分，当西方国家不断地向海外扩张之时，郑芝龙却反其道而行，将目光又返回中国的国内。从某种意义上说，郑芝龙的目光比起颜思齐，显得短浅缺乏世界性。如果历史可以假设一番，郑芝龙将势力向南扩张，与荷兰人、葡萄牙人、西班牙人争夺南洋的控制权，那么凭借他的力量，中国人的历史或许将被改写。

在摇身一变成为大明帝国的将领之后，郑芝龙开始制订打击中国东南海盗势力的计划。在这次招抚与受抚的交易中，无论是郑芝龙还是大明朝的政府，都成为赢家。

虽然郑芝龙的海上力量一枝独秀，但是在东南沿海，仍然存在有其他大大小小的海盗，拥有的船只从两三条到百余条，这些海盗的力量也不可小觑，即便是郑芝龙集团，有时也会吃这些海盗的暗算而吃亏，其中最典型的例子，就是郑芝龙集团的第二号人物陈衷纪死于李奇魁的海盗集团之手。那是在郑芝龙第一次被招安未成后，陈衷纪得知自己的结义兄弟要返回台湾岛，他亲自率船前往迎接，但是在澎湖岛时却遇到李奇魁的海盗船队，陈衷纪在战斗中被李奇魁所杀。郑芝龙将首战的目标选定为李奇魁，这就不足为奇了，为结义兄弟复仇，也是为集团的第二首领复仇，这无疑能激励部队战斗的士气。

李奇魁与郑芝龙、李旦、颜思齐等人不同，他纯粹是个海盗，并不从事什么贸易活动，只是在海面上打劫商船，他与郑芝龙同样是泉州府人，是个极为剽勇之徒，力大无比，而且水性极好。不过郑芝龙并不把他放在眼里，因为这只是一介没有任何政治抱负的武夫，作恶越多，自取灭亡的时间就越早。

李奇魁虽然是海盗中的亡命之徒，但他并没有战略头脑，他在1629年的四月进攻了金门岛。金门岛与郑芝龙主要驻地厦门岛仅有一水之隔，这无异于将肉投入了狼口，郑芝龙当即命令船队开出海港，向李奇魁发起进攻。这时李奇魁才发觉形势对自己非常不利，郑芝龙的船只远远超过他的数量，而且火力也更加强大，李奇魁马上调转船头，准备逃跑，但他已经来不脑，郑军的船只赶了上来，士兵们跳上海盗船的甲板，战斗了肉搏战，李奇魁被杀死并且砍掉了头颅。

这次海战的胜利，使福建巡抚熊文灿深信招抚策略的成功，他希望郑芝龙的力量，能成为捍卫东南的海上长城。他与前任巡抚不同，体现出应有的慷慨，将郑芝龙提拔为参将。

剿灭李奇魁只是一个开端。熊文灿的信任对郑芝龙是莫大的鼓舞，对于反反复复的海盗集团，今日投诚，明日叛去是司空见惯、见怪不怪的事情，杨禄与杨策就是属于反复的海盗团伙之一。在两年前，他们还曾经归降朝廷，并且参加了剿灭郑芝龙的战斗，但是很快又叛变，他们拥有一百艘船，在东南沿海是不可忽视的一支力量。现在情形完全颠倒过来，郑芝龙变为政府军，而杨禄与杨策从政府军又变回海盗。与李奇魁一样，杨禄与杨策也是纯粹的海盗，不仅在海上打劫，而且对沿海的居民烧杀抢掠，这种土匪式的作风，不可能得到寻常百姓的支持与帮助。郑芝龙打着正义的旗帜，在金门港一带围剿杨禄与杨策的海盗船，并且最终杀死了这两个大盗。

李奇魁集团与二杨集团的灭亡，使郑芝龙赢得了朝廷的信任，同时他的虚荣心也不断地滋长，他在晋江安平，离他家乡石井仅有十余公里距离的地方，购置了大片的土地，他聘请了最好的园林设计师与最好的工匠，来负责豪宅的规划与施工，这片占地面积达到一百三十八亩的大府院落，将象征着他的财富与地位。

在多年的漂泊、流浪与征战之后，郑芝龙已经不再是海盗，而是有身份、有地位、有财富的政府正式官员，虽然他实际上更应该称为雄据一方的军阀，这使他的生活比以前要安定，也多了闲情雅致，他怀念着远在平户的妻子田川氏以及他的儿子福松，是把他们接回家乡，全家团聚的时候了。

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