天启五年（1625）七月，御史张纳上疏，力诋邹元标、孙慎行、冯从吾、余懋衡等，请毁其讲学书院。诏从之。首善书院遂被毁。吾在京师所建，集同志讲学其中。及魏忠贤专权，邹元标、冯从吾、高攀龙等相继去官。

同月，杨涟、周朝瑞、左光斗、魏大中、顾大章、袁化中入镇抚司狱，令五日一讯，逼供征赃。该日方震孺下刑部狱。七月初七日，北镇抚司许显纯奏将杨涟等送法司追赃定罪。宣旨：“杨涟等党庇熊廷弼，沦没封疆，且纳贿招权；移宫一事，陷朕不孝，罪恶滔天。许显纯等何擅求送部（刑部），明属徇私，还着严比，不得宽纵。”

天启五年（1625）八月，魏忠贤逆党御史张讷奏毁天下讲坛。诬奏书院：“遥制朝权、掣肘边镇、把持有司，武断乡曲”，建议天下但凡有书院处尽数拆毁。并诬诋邹元标、冯从吾、孙慎行、余懋衡以及侍郎郑三俊、毕懋良等。八月初五日熹宗下旨：东林、关中、江右、徽州一切书院俱着拆毁，变卖助工。邹元标、冯从吾、孙慎行、余懋衡被削籍并追夺诰命，郑三俊、毕懋良冠带闲住。

天启五年八月二十六日熊廷弼被斩西市，传首九边。自此，天启五年的东林六君子案落下帷幕，锦衣卫的诏狱一时名声大噪，朝中文武莫不闻之色变，而锦衣卫的上夹棍、剥皮、断脊、堕指、刺心等十八种酷刑更是闻名于世，为世人所知，由于诏狱的存在，三法司的刑狱形同虚设，锦衣卫气焰滔天，随之而来的是魏忠贤排除异己、专断国政，朝堂之上布满阉党爪牙，“九千岁”名头不胫而走，阉党官员为巴结奉承魏忠贤，大肆在全国各地建设生祠，受万家灯火。

天启五年的党争中，魏忠贤以横扫之姿权倾朝野，而东林党则在这场灾难中元气大伤，甚至到伤筋动骨的地步，党内大佬死的死，贬的贬，唯有几人辞官回乡，只是他们不知道，魏忠贤不似其他人，不会给东林党任何反扑的机会，他做事一向是斩草除根，不留余地。

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