董仲舒对策后，被武帝派到江都易王刘非那里当国相。刘非是武帝的哥哥，此人粗暴、蛮横，一介武夫，但因为董仲舒当时声望很高，是举国知名的大儒，所以对董仲舒非常尊重。而且刘非把董仲舒比作辅助齐桓公称霸诸侯的管仲，也就是希望董仲舒要象管仲辅助齐桓公一样来辅助自己，以篡夺中央政权。

但董仲舒是主张“春秋大一统“的，因此，对于刘非的发问，他借古喻今进行了规劝，指出“所谓仁人，是‘正其道不谋其利，修其理不急其功’（端正自己奉行的道义而不谋求眼前的小利，修养自己信奉的理念而不急于取得成果）的仁。致力于以德教化民众而使社会风气大变，才是仁的最高境界！所以孔子的弟子即便是小孩也羞于提到五霸，因为五霸是先行欺诈后行仁义。只是耍手段而已，所以不足以被真正有道义的人提及。”暗示刘非不要称霸。董仲舒为江都易王相六年，搞了不少祈雨止涝之类的活动。

汉武帝建元6年（前135年），皇帝祭祖的地方长陵高园殿、辽东高庙发生了大火，董仲舒于是带病坚持起草了一份奏章，以两次火灾说明上天已经对汉武帝发怒对武帝进行规劝。结果奏章还没上，正巧主父偃到董仲舒家做客，看见奏章，因嫉妒董仲舒之才，就把奏章草稿偷走，交给了汉武帝。武帝看后大怒，决定将董仲舒斩首。后怜其才，又下诏赦免，但江都王相却被罢免，从此，董仲舒不敢再说灾异之事，而是干起了老本行，从事教学活动，又教了十年的《公羊春秋》。

汉武帝元朔四年（前125年），公孙弘又推荐董仲舒做胶西王刘端的国相。刘端也是汉武帝的哥哥，他比刘非更凶残、蛮横，过去不少做过他国相的人都被杀掉，或毒死。因董仲舒是知名的大儒，刘端对他还比较尊重。

董仲舒一直提心吊胆，小心谨慎，唯恐时间长了遭到不测，遂于四年后以年老有病为由，辞职回家。从此以后，也就结束了他的仕禄生涯。董仲舒晚年对什么事情都不过问，只是埋头读书、著作。

虽然他辞去了官职，但朝廷有大事，还常派人到他家向他请教，董仲舒都有很明确的看法。董仲舒虽然养病在家，但仍十分关心朝政大事，甚至在临终之前，还写奏章给汉武帝，表达对盐铁官营的支持。

前104年，董仲舒于家中病卒，葬于西汉京师长安西郊，有一次汉武帝经过他的墓地，为了表彰其对汉王朝的贡献，特下马致意。由此，董仲舒的墓地，又名为“下马陵“。

从董仲舒身上可以看出张仪这一脉的鬼谷特点从上而下的进行对这个国家维护，皇帝说什么他们就做什么，传授的东西也以王朝风向为主。