斐口的阴阳师其实比我们想象中的更要压抑和苦闷，而且为了自己家族的使命他们会牺牲自己的一切，可以说他们从打算做阴阳师的那一天就已有了心理准备——自己的命不是自己的，自己可能会惨死，也可能会每天都处于恶梦之中。
桐生三千代不是一个人，也不是一只鬼，她是斐口村里的阴阳师们压抑在心底从来不对别人说的。也可以说它是一朵被斐口的阴阳师们滋养了近一千年的彼岸花。
在斐口村这个村庄成立时，一切都还平安，可是过了几代人之后斐口村的阴阳师们发现了这个可怕的现象。
最开始是一个有些懦弱的家主，他本来不想当家主，也不想做阴阳师，可是那个时候斐口村的老家主是不允许他这么做的，尤其还是多事的平安京时代。
那一位年轻的家主每日战战兢兢，夜里也是睡不好觉，就在他精神快要崩溃时，一个乖巧可爱的女人出现在了他身边。
年轻的家主给那个女人取名为桐生三千代，桐生就每天每天陪着那个年轻的家主。年轻的家主什么话都对桐生说，包括他害怕这里的大妖怪，他憎恨父亲强迫她做阴阳师，甚至他夜夜因为害怕会做噩梦。
桐生温柔又体贴，她会陪着年轻的家主睡觉，她知道家主喜欢山下一个猎人的女儿，她还俯身在那个姑娘身上与年轻的家主天天寻欢作乐。
可是，年轻的家主却不知道只有他一个人看得到桐生，而且他也越来越离不开桐生，最后这位家主在某一天的晚上死去了，他像是在与自己的心上人交欢，他在死去的时候脸上还带着满足的笑。
元老们都大吃一惊，都以为是妖怪在作怪，可是他们谁也说不出来这是一个怎么样的妖怪，又是如何在他们神不知鬼不觉的情况下作恶的。
接着，新上任的家主没过多久也死了，他们死的时候都是愉快的，而且都死在了自己喜欢的事情上。
这件事情是被一个天朝的道士道破的，桐生三千代就是他们家主本身，为了这个村子，为了自己家族的使命，这些家主放弃了自我，可是这些压抑在心底的不甘、委屈、遗憾慢慢变成了桐生三千代，桐生三千代还会帮着历代家主“解脱”，这又成了斐口村家主的新的噩梦。
只要斐口村的阴阳师不消失，桐生就不会消失。然后另一个年轻又极有头脑的家主出现了，他叫斋藤靖彥。斋藤靖彥的母亲是一位天朝人，叫江敏之，她的父亲是镇海大将军的副将江月明。江月明负责运瓷到吕宋，可是中间又被奸人所害让他辗转平户，江月明知道是自己的政敌要害自己，可是他却也没有办法，自己一个人被害无所谓，他不能带上自己手下这一千来将士。
大船在海上遇到了倭人海盗，那些倭人中间还夹杂着江月明政敌的人，不过算起来也是老天垂怜江月明，在他即将支撑不住时，从天朝回国的斋藤谷亮的大船经过了，海盗们一哄而散，斋藤谷亮救下了江月明与他的女儿，只是江月明身受重伤很快死在了船上，江敏之憎恨这些副将们为了一已之利互相残杀，她便跟着斋藤谷亮回了东瀛，回了斐口村。
斋藤谷亮喜欢江敏之，可是他本人又有些羞涩不敢说出口。同样的，桐生三千代这个时候也在侵蚀着斋藤谷亮。斐口村的元老们都知道桐生的存在，可是只有家主才能看得到她，才能与她来往，所以，元老们虽说是担心斋藤谷亮，可是他们一点儿办法也没有。
江敏之察觉到了斋藤谷亮有时候的不正常，有人也将桐生的存在告诉了江敏之，江敏之对斋藤谷亮只是感激之情，她并不喜欢他，不过她想报答斋藤谷亮，而且江敏之从小就跟着江月明在海上混，她不光是身手好，她也懂得制水鬼制鬼风，说起来，她也算是半个阴阳师了。
江敏之是一个极聪慧的女子，她知道桐生因什么而存在，于是她在做着与桐生同样的事情，于是桐生反而迷茫了。斋藤谷亮喜欢江敏之，桐生曾满足过他，可是桐生毕竟是阴阳师自己的，她只是在按照斋藤谷亮心里想象的江敏之在模仿江敏之，可是当江敏之这个有个性，有血性，更有头脑的女人开始天天给斋藤谷亮惊喜时，斋藤谷亮有那么几年真的摆脱了桐生三千代。
随即，江敏之与斋藤谷亮的儿子斋藤靖彥出生了，这个孩子有着自己父亲的温和、母亲的睿智，他是第一个收桐生三千代为式神的家主。也就是他这一代开始，桐生三代生在斐口村的妖怪集上留下了名字。
斋藤靖彥很小的时候就知道桐生三千代的存在，而且他顽劣无比，他甚至让桐生三千代帮着自己调皮捣蛋，一度让教他的先生气得都病倒了。
斋藤谷亮因为过度操劳在斋藤靖彥八岁上就去世了，江敏之写信让去福州港的人请她的一位故人来东瀛来照顾自己的儿子几年，那位故人就是灵隐寺的三通大师，这个时候灵隐寺的那位传奇和尚道济已经被传成活佛云游四方了，三通大师少年时深受这位师伯的影响，他自己也颇有这位师伯的一些风格特点。
三通大师一接到江敏之的信就立刻来了东瀛，他与江月明也是好友，而且对江月明的死一度不能释怀，听说江敏之的儿子要被斐口村的那些老家伙培养成家主，三通大师好奇又感觉有意思，他乘运瓷的船就过来了。
斋藤靖彥与这三通和尚十分投缘，而且好多事情不用三通和尚点拨斋藤靖彥自己就能懂。他说，这个桐生就是历代家主们求不得，想解脱又无门的一个影子，既然是这样，他就要做一个放荡的家主，让桐生无事可做。
只是斋藤靖彥是一个百年难遇的人才，可他的儿子却不一定是啊，他有一天也是死的，那以后家主怎么办？