七月，傅亮率行台到荆州治所江陵迎刘义隆入京。当时已时是七月中，江陵已听闻少帝遇害的消息，刘义隆及一些官员都对来迎队伍有所怀疑，不敢东下，但在王华、王昙首及到彦之的劝告下决定出发。并在八月八日到达建康，次日即位为帝，改元元嘉。

宋文帝自江陵东下起一直在提防徐羡之等人，即在东下行程上，随行的荆州州府官员都严兵自卫，行台百官都无法接近，中兵参军朱容子更在行程数十日内一直抱刀在船舱外守卫。

宋文帝即位后，对徐傅谢三人优抚有加，进徐羡之为司徒，傅亮加开府仪同三司，同意谢晦的赴任荆州刺史的请求，当时，谢晦非常担心文帝记恨杀兄之事不放他赴任或将荆州另许他人，文帝同意谢晦出镇荆州，以荆州刺史换取谢晦的领军将军之职。徐羡之等人顾忌文帝心腹到彦之，预料文帝将以到彦之为中领军。于是，徐羡之等人准备让当时暂镇襄阳的到彦之出任雍州刺史。文帝坚决拒绝徐羡之的提议，坚持要召到彦之入京为中领军接替谢晦，委以戎政。同时，文帝又以原荆州僚属心腹王昙首、王华为侍中，王昙首领右卫将军，王华领骁骑将军，朱容子领右军将军，加上到彦之领中领军，至此，文帝掌控了禁军军权。

面对文帝一系列强化权力的举措和当时的舆论压势，徐傅二人感受到了威胁，于元嘉二年主动提出上表归政，但在程道惠、徐佩之、王韶之等人的规劝下仍复奉诏摄任，尚书、中书二省仍受二人节制。当时，傅亮及谢晦多次试图和王华、到彦之等人交结，以图安心。但是，王华及孔宁子多次向文帝中伤诽谤徐羡之、傅亮、谢晦三人，并不断制造和散播针对徐傅谢三人弑君行为的舆论攻势。文帝亦有诛杀权臣的意图，虑及谢晦当时以荆州刺史坐镇荆州重地，于是托辞北伐及拜谒陵墓以修建船舰，同时文帝又成功笼络到了檀道济的支持。元嘉三年，刘义隆宣布徐羡之、傅亮及谢晦擅杀少帝及刘义真的罪行，要将徐羡之及傅亮治罪，并决定亲征谢晦，命雍州刺史刘粹、南兖州刺史檀道济、中领军到彦之先行出兵。徐羡之闻讯自杀，傅亮被捕处死，谢晦则出兵反抗，但知檀道济协助刘义隆讨伐即惶恐不已，无计可施，不久谢晦军队溃散，谢晦试图逃走，但被擒处死。

宋文帝刘义隆在消灭徐羡之等权臣后下诏派大使巡行四方，奏报地方官员的表现优劣，整顿吏治又宣布一些年老、丧偶、年幼丧父及患重疾而生活困难者可向郡县求助获得支援，更广开言路，欢迎人民进纳有益意见和谋策。文帝亦多次去延贤堂听审刑讼。元嘉十七年更下令开放禁止平民使用的山泽地区，又禁止征老弱当兵的这些伤治害民的措施，要求各官依从法令行事。另在历次天灾时都会赈施或减免当年赋税以抚慰人民。

宋文帝亦鼓励农桑，元嘉八年即下诏命郡县奖励勤于耕作养蚕的农户和教导正确农作方法，并将一些特别优秀的农户上报。元嘉十七年又下令酌量减免农民欠下政府的诸逋债，后更于元嘉二十一年悉数免除元嘉十九年以前的欠诸逋债，又下令租借种子口粮给一些想参与农耕但物资缺乏的人，更赐布帛奖励营治千亩田地的官民元嘉二十一年夏季因连续下雨而出现水灾，影响农业，刘义隆除了下令赈济外，还在秋季命官员大力励农民耕作米麦，又令开垦田地以备来年耕作，并于元嘉二十二年重新开垦湖熟的千顷废田。

宋文帝在其统治期间，采取抑制豪强的政策，努力推行繁荣经济政策，重视农业生产，并使赋役均摊，国家生产经济因此大力提升，有元嘉之治之称。