郑军守将邱缙、林壮猷、金作裕均投入与清军的巷战之中，力战而死，担任同安知县叶翼云等人被俘，拒绝投降，从容赴死。

这次同安保卫战，郑军表现出极为英勇的大无畏精神，令清军伤亡极大，清军主将佟鼐恼羞成怒，下令屠城，致使同安城内屋舍一空，血满沟渠。由于同安距郑成功所驻的铜山岛距离很远，加之清军的封锁，直到八月份，郑成功方才得知同安城被围攻的消息，他大惊失色，当即命令海军返援，可不巧的是，海上狂风巨浪，迫使船队整整花了五天的时间，才抵达金门岛，此时已经传来同安失守、全城遭屠的消息，郑成功在金门岛遥祭英灵，失声痛哭，全体将士，无不动容。

同安陷落后，郑成功将军队带回铜山岛，一部分驻于镇海。铜山岛位于福建的南部，离广东较近，可见此时的郑成功希望与永历政权联合作战，共同推进抗清事业。

可能在这个时间段，施郎、施天福、洪习山、黄廷等闽籍将领从广东投奔到郑成功麾下。

施郎曾追随黄道周入江西，由于他的军事建议得不到黄道周的认同，他便擅自脱队返回福建，在郑芝龙降清后，施郎也随即投降清军，并与其他郑军将领跟随李成栋入广东与南明军队作战。李成栋对这些郑军旧将怀有很深的偏见，除了施郎外，其他郑家旧将如施福、洪习山、黄廷等人，均被李成栋所打压。

在李成栋反清归明、迎回永历帝之后，大力排斥郑军旧将，上书要求将施福、施郎、林习山等福建籍将领遣返回福建。当施郎部经潮州准备返回福建时，占据潮州的李成栋部将郝尚久企图加害施郎，将这支福建军队一网打尽。

施郎得知此事后，急忙率领所部士兵逃到饶平，郝尚久率军追击，施郎且战且退，经过一个多月的艰苦突围，终于摆脱郝尚久的追击，施郎的两位从弟都在撤退途中死去，施郎率所部投奔郑成功，郑成功授予他左先锋镇的镇将军职。

郝尚久对郑军旧将的迫害，导致了严重的后果，为日后郑成功与郝尚久兵戎相见，埋下了祸根。

施郎确实是一员非常优秀的将领，他的到来，给郑军带来了军事训练上的革新，他深谙兵法，犹其在海战上他有一套独特的阵法，后来郑军海军中的楼橹、旗帜、伍阵相离之法，多是施郎所创置。

除施郎外，施福、林习山、黄廷等人也陆续返回福建，并投奔到郑成功麾下，这不仅壮大了郑成功的军事力量，更重要的是，使郑军拥有一批富有作战经验的将领与士兵，战斗力得到大大的提升。

郑成功移师铜山岛，可能还有一个目的，这一年福建出现了严重的饥荒，郑成功不得不与郑彩联手，组织大批的船只前往广东购买粮食，同时也在铜山附近的诏安募兵征饷。郑成功在诏安征粮饷遇到了很大的困难，诏安人林日灼等人鼓动当地人拒绝交粮饷，武装对抗，结果郑成功不得不动用军队，派甘辉率军镇压林日灼等人的骚乱。

在郑成功陷入粮荒的困境中时，全国的抗清形势再次发生大逆转。

1649年初，南明中兴的希望，三大军事力量金声桓、何腾蛟、李成栋相续败亡，中兴的希望泡沫破灭。

江西在金声桓反清归明后，曾有一度成为全国的抗清中心，金声桓在1648年的三月对江西南部的赣州发动进攻，但是赣州战役却进展缓慢，经过两个多月的围攻，仍然未能攻克赣州。此时清廷以谭泰为征南大将军，大举增兵江西，并开始进攻南昌。金声桓被迫放弃赣州之战，退保南昌，到次年正月，南昌终于被清军攻破，金声桓自杀身亡。

中国人都知道唇亡齿寒的道理，但在南明内部，这个浅显的道理一再被争权夺利的官僚们所忽视。在金声恒被围困南昌期间，无论是南方的李成栋还是西面的何腾胶，都没有给予有力的支援。李成栋并不急于救援南昌城，而是在九月份对江西赣州发动进攻，然而这次浩大的攻势却意外地被坚强的赣州守军所遏制，南明军队损失了一万多人，李成栋心灰意冷地返回广州。次年二月，李成栋对赣州发动第二次进攻，赣州的清军采取主动出击的策略，李成栋军大败，而他本人也在渡河过程中意外落水丧命。

几乎与金声桓、李成栋败亡的同时，永历政权下最重要的将领之一何腾蛟意外失手。金声桓与李成栋的相续反正，给了南明的复兴一个难逢的机会，在这种情况下，南明军队乘机反扑，占领了湖南绝大部分地区，然而南明内斗的故事却一再重演，致使军队内部一片混乱，清军渔翁得利，济尔哈朗迅速进逼何腾蛟所在的湘潭，当时何腾蛟想召回逃亡的南明军队，手上根本没有军队，因此被清军所俘虏，他拒绝投降，最终被清军处死。

南明复兴的事业，又从高潮跌落低谷。

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