不过清朝方面，也极力想破坏郑成功的商业船队，清福建官员怂恿厦门岛对岸的刘五店、石浔等地的海盗陈春等势力，在海面上劫持郑成功的商船，由于陈春等人屡屡得手，郑成功决心将其一网打尽。

磁灶战役后，七月，郑成功派遣援剿右镇、前冲镇、北镇、中权镇四支纵队，越洋追捕陈春。陈春一伙人落荒而逃，郑军一路追击到小屿，追上陈春的数十只船，经过一番海上战斗，陈春的船只被击毁甚多。此时驻防在同安的清军将领马直追率军来援，郑军前线指挥黄山在获知消息后，派万礼率前冲镇、陈六御率北镇埋伏于龙窟一带，当清军进入到此区后，陈六御的北镇骑兵队用上派场，在郑军的夹击之下，这支援军被全部歼灭，无一人漏网。

郑成功的战略意图，是先夺取漳州府东部沿海地区，沿海对郑军十分有利，进可攻，如果打不赢，就可以下海，这对清军来说是无可奈何的。

九月，郑成功亲自挥师南下漳浦。福建清军不敢小视，派陈尚智率军驰援漳州，会同漳州总兵王邦俊，共计有骑兵数千人，步兵数千人，在钱山一带与郑军对峙。当郑成功侦知敌方主将时，他莞尔一笑，轻蔑地说：“王邦俊伎俩可见，陈尚智无名小将，我以逸待劳，以饱待饥。”当即命令安排军事部署，将军队分为三部分，正面作战兵团以戎旗镇、援剿左镇、左先锋镇等久经沙场的部队组成，其余诸镇分为伏击兵团与抄后截击兵团。郑成功对诸将领说：“俱各贾勇齐击，杀其片甲不回，胜此一着，则漳虏胆破，撄守不暇，漳浦、诏安、平和等邑可指掌而定矣。”

二十五日，清军率先发起进攻。郑成功下令迎战，士气高昂的郑军精锐部队投入战斗，一举歼灭来犯清军的前锋部队，埋伏在侧翼与后翼的前冲镇、亲丁镇、剿援右镇等纵队一并杀出，清军马上陷入混乱之中，战斗队形被冲垮，郑军战士骁勇无比，越战越勇，清军主将王邦俊一看形势不利，赶紧下令撤兵，狼奔逃窜。郑军穷追猛打，战场上是清军累累的尸体。王邦俊、陈尚智夺路而走，逃回漳州府城。

漳州府大为震动，关闭城门，禁止出入。郑成功派人前往漳州府城招降，但遭到拒绝。不过清军队伍中的数百人投奔到郑成功麾下。

郑成功军队的战斗力之坚强，令清军意识到一个强大的对手正在崛起。漳州总兵王邦俊紧急上书求援。十一月，清军遣福建陆路提督杨名高率数千名骑兵与步兵南下。正在厦门岛休整的郑军得知消息，马上向郑成功禀报。郑成功召集诸将，对大家说：“杨名高未知我手段，必然轻敌。我须略地取粮，诱其来战，先须占据险处迎杀。尔等此番用力歼击，胜此一着，则援虏计穷，漳泉不攻自下矣。”同时郑成功再次严肃军纪，强调：“如不用命者，杀无赦！本藩躬亲督战，目睹难掩也。”

由于清军南援漳州，必定要先经过泉州，郑成功打算在泉州地界与清军会战，否则杨名高的援军与王邦俊的漳州守军相会合，势必更难对付。郑军搭船渡过海峡，郑成功与诸位将领勘察地形，选择有利的伏击地点，最后在战场设定在小盈岭一带，这里也是清军必经之地。

郑成功的部署是这样的：他亲辖戎旗镇与援剿左镇、正兵营驻扎在小盈岭，左翼是左先锋镇、援剿右镇与北镇，右翼是援剿右镇、右先锋镇与左冲镇。由于在鸿渐山一带发现有敌军的迹踪，郑成功还派甘辉率亲丁镇及中冲镇、游兵营、奇兵营前往截杀。

清军提督杨名高此时已进抵离小盈岭不远之处，在探知郑成功严阵以待后，他根本不把郑成功放在眼里，他命令清军兵分三路，向小盈岭发起进攻，同时，另一支清军由鸿渐山迂回到郑军的后侧。

清军三路进攻队伍中，中路军位置略为突出，正面是郑成功的正兵营，营官请求郑成功出击，郑成功没批准，他要耐心地等待其余两路敌军的到来。等到三路敌军差不多齐头并进时，郑成功下达进攻的命令。

郑成功亲自指挥的戎旗镇、援剿左镇以及正兵营的官兵奋勇出击，小盈岭两侧的其余各镇牵制另两股敌军，一时间平静的山岭杀声四起，兵戈交错，枪炮声隆隆。杨名高的这支清军果然是一支生力军，在郑军的猛扑之下，稍稍后撤，但很快就稳住阵形，双方陷入僵持战中。郑成功见状，骑上马，在枪林箭雨中穿梭，亲自前往阵中督战。统帅的勇敢表现令所有士兵无不奋励，向清军发起更猛烈的冲锋，清军终于顶不住郑军的进攻，撤退变成了溃败，郑军一路猛杀，杨名高纵马而逃。

在另一路，清军由鸿渐山企图抄郑军的后路，在此防御的的中冲镇、游兵营抵挡不住清军的强攻，连连后退，在此危急时刻，杨祖率奇兵营赶到，加入战斗中，杨祖勇冠三军，冲入敌阵中，一阵砍杀，遏制住清军的攻势，在战斗中，杨祖被一支流矢所伤，但他坚持战斗，并且手刃一名清军将领。不多时，郑军的生力军，由猛将甘辉指挥的亲丁镇赶到战场，清军终于全线溃败，狼狈而逃。

郑军一路追击，一直追到马厝巷，杨名高侥幸逃脱。

这是郑成功返回厦门后，第三次与清军的交锋，三战三捷。小盈岭一战，奇兵营的营官杨祖表现最为显眼，战后，郑成功照《杀虏大敌中敌赏格》的规定，授予杨祖首功，杨祖本来名叫杨姐，但郑成功觉得这个名字不够威武雄壮，便特地将\"姐\"字改为\"祖\"字，这一改就让杨祖在战场下立下大功了。同时，杨祖的奇兵营被升格为奇兵镇。

在鸿渐山阻击战中表现不佳的中冲镇与游兵营，则遭到降罚捆责的处置。

郑成功深知赏罚对于维系一支军队的战斗力有着至关重要的作用，这一点贯穿于他的整个军事生涯，这也是他的军队能遂渐强大，最终成为清朝最可怕对手的原因所在。

果然不出郑成功所料，清军在接二连三的失利之后，漳州各城的清军已如惊弓之鸟，在郑成功胜利的鼓舞下，闽南的反清力量重新抬头，而一批投降清军的前明将领，纷纷反正，坐收诸城的时机已经到来。十二月，清军驻漳浦副将陈尧策派人秘密与郑成功联系，商谈献城事宜。陈尧策原系郑芝龙的旧将，协助杨世德镇守漳浦，对于陈尧策的反正，郑成功大喜，并于十二月十五日亲率军队，秘密渡海在旧镇港登陆，然后神不知鬼不觉地杀抵漳浦城下，并包围漳浦城，陈尧策作为内应，打开城门，郑军兵不血刃占领城池。

漳浦守将杨世德发现陈尧策叛变时，为时已晚，他仓惶出逃，但郑军已经控制了全城，无处可逃，惊惧之下，他在河边拔剑自刎后跳入河中，但没死，被郑军士兵给救活了，然后押解到郑成功面前。郑成功一看，此人能往脖子上就是一刀，算是一条汉子，便亲自给他松绑，称赞他的忠心，并晓予大义，派医生给他疗伤，并派人保护其家眷。杨世德感于郑成功的诚义，便反正归降，被授予大监督之职。

夺取漳浦之后，郑军声威大振。次日，郑成功派遗部将黄廷南下诏安，光复县城；另一位将领黄兴则西进平和，于次年正月四日夺取平和县。这样，漳州南部基本上落入郑军之手。

值得注意的一点是，郑成功在经历泉州攻城战与潮州攻城战失利后，认为直接攻城伤亡很大，且郑军在攻城战中不占据优势，所以后来郑成功一直避免大规模的攻城战，这可能跟他所精通的孙子兵法中的所说的\"上兵伐谋，其次伐交，其次伐兵，其下攻城\"的战略思想有关，郑成功夺取城池的主要方法是通过歼敌于城外，或者通过心理战术，或都以策反的方式所取得。

正当郑成功在战场上屡战屡胜之时，在浙江苦斗的鲁监国政权却遭遇重大挫折。

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