最终郑成功力排众议，确立了攻取台湾的决心。就在郑成功决定攻取台湾时，这年的正月七日，顺治帝病逝于北京，年仅八岁的康熙继位。清朝新君初立，封建王朝每当权力交接之时，总是多事之秋，清政府内部权力重新分配，在这么一种情形下，清军暂时不会对东南大举用兵，这对郑成功是攻取台湾的一个良机。

郑成功下令修葺船只，并在二月移师金门，整顿军队，准备粮草与武器，积极为攻台之战作准备。参加攻台之役的部队多是郑成功麾下最精锐的部队，包括亲军镇、右武卫镇、左虎卫镇、右虎卫镇、提督骁骑镇、左先锋镇、中冲镇、后冲镇、宣毅前镇、宣毅后镇、礼武镇、援剿后镇等，总兵力二万多人。

三月初十，郑军舰队在金门料罗湾集结，当时军队内部谣言不断，很多士兵对这次跨海作战没有信心，心怀畏惧，不断有人逃跑，郑成功不得不派人将逃兵捉回来。大军尚未出征，军队就开始出现骚动，这在郑军以往的历史中是未曾出现的，这也可看出征台之战，从一开始就内部分歧极大，这对郑成功而言，是前所未有的艰巨考验。

是真英雄，便不会因为挫折而失去进取之心。

三月二十三日，终于迎来天时霁静的日子。征台舰队终于开航，数百艘战舰浩浩荡荡，向东驶去，很多人对台湾根本没有什么概念，只认为那是一块海外荒蛮之洲。这一天的航行非常顺利，次日，郑军舰队抵这澎湖列岛。

郑军在澎湖列岛停泊三天，准备等侯顺风时启程，在这段时间里，郑成功巡视了诸岛，并对诸将说：“台湾若得，则此为门户保障。”三月二十七日，郑军舰队继续向东航行，但是遇到逆风，不得已退回澎湖岛。这时郑军遇到了一个麻烦，当时何斌跟郑成功说，只要到了台湾，不愁没有粮食，所以各军只携带了数日的粮食，没想到途中受阻于风，粮食供应开始紧张了。

郑成功下令在澎湖诸岛取粮，但这些小岛因面积狭小，没有田园可种水稻，只有一些蕃薯、大麦等，而且数量很少，总计只收罗到百余石，只够二万多人的军队一餐之用。这种情况是郑成功始料不及的，他大吃一惊，便于三月三十日晚，下令舰队必须启航。然而此时风向不顺，而且风雨交加，海面上还有雾气，诸将请求等风雨过后再启航，郑成功答道：“冰坚可蹈，天意有在。天意若付我平定台湾，今晚开驾后，自然风恬浪静矣。”

舰队驶出澎湖列岛后，风雨开始减弱，但是海上的波浪仍然很大，加上天色很暗，一路上险情环生，但是郑成功不为动摇，坚持继续航行。三更之后，云收雨散，天气清朗，郑军舰队总算有惊无险，数百艘战船向台湾的方向开进。

次日拂晓，舰队抵达台湾岛外沙线，天亮时，驶抵鹿耳门。

能否赢得攻台战争的胜利，首先是郑军能否顺利完成登陆。当时荷兰人盘踞在台湾西南的赤嵌城与热兰遮城，在西部有一系列的小岛屿，进入的航道主要有两条，一条为北航道，又称为鹿耳门港道，这条港道水文条件十分复杂，港道曲折迂回，且水深较浅，大船难以进入，根据《台湾县志》的纪载：“水底皆沙，纵横布列，舟不可犯，就其稍深处觅港出入，港路窄狭，仅容两艘。”另一条为南航道，又称为大港道，入口处狭窄，水深可进出大船，但是荷兰人在此修筑有热兰遮城，所以南航道处于荷兰人的炮火打击范围。

为了避开荷兰人的炮台，郑成功选择由鹿耳门港道登陆。这条港道自然条件不够理想，郑军的向导何斌是个有心人，他曾细细勘察过鹿耳门的水道，绘制在地图中，而且亲自为郑军导航。虽然如此，郑军数百艘战船能否顺利通过，特别是一些大型船只是否会搁浅？谁也没有把握，所以郑成功是冒了很大的风险。

在舰队出发前，郑成功曾对部将们说：“本藩矢志恢复，念切中兴。前者出师北讨，恨尺土之未得；既而舳舻南还，恐孤岛之难居。故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时；非为贪恋海外，苟延安乐。自当竭诚祷告皇天并达列祖，假我潮水，行我舟师。”能否顺利通这个浅水航道，则要看涨潮时海面能上升多少。

郑成功乘上小哨船，在何斌等人的引导下，先行入港。郑军选择的时机也恰到好处，由于这一天是初一，正值大潮，到了中午时，海水涨潮，海面上升数尺，郑军中的大船居然也可以顺利入港。

郑军之所以能这么顺利成功登陆，还有一个原因，就是郑军的军事行动相当保密，从舰队出发到成功登陆，荷兰人均没有发觉。这支二万五千人、数百艘战船的庞大军队，在神不知鬼不觉中，已经钻到荷兰人的眼皮底下了。荷兰人对郑成功攻取台湾并非全无准备，但是郑军选择在风向不利于航行的季节突然挺进台湾，这是荷兰人没有料想到的，而在郑军登陆前一夜，海面上还风雨交加，荷兰人更没有料到这支英勇的舰队战胜风雨与波涛，奇迹般地出现在台湾岛西部。

在荷兰人修筑的赤嵌城外，有一赤嵌街，乃是百姓之聚集地与市集，其地在现今台湾之台南市内，当地百姓对郑军的到来欣喜若狂，奔走相告，并给郑军提供大量的帮助。郑成功发动的攻台之战，从一开始，便是一场正义之战。

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