在学术上，清朝时期最兴盛的是考据学。很多学者认为，清人从事考据学是为了逃避文字狱的迫害而躲入故纸堆中。20世纪80年代开始，有学者对文字狱成因说提出质疑。其实清代考据学与文字狱没有必然的联系，它们之间并不存在因果关系。考据学全盛时期的代表人物有惠栋、戴震、段玉裁、王引之、王念孙，等等，考证方法大同小异。到了章学诚，又提出了“六经皆史”的论点，有前进一步。

科技

医学

乾隆时官修的《医宗金鉴》九十卷，征集了不少新的秘籍及经验良方，并对《金匮要略》、《伤寒论》等书作了许多考订，是一部介绍中医临床经验的重要著作。清代名医王清任在医学上有突出的成就，著有《医林改错》一书。他强调解剖学知识对医病的重要性，并对古籍中有关脏腑的记载提出了疑问。他通过对尸体内脏的解剖研究，绘制成《亲见改正脏腑图》二十五种，改正了前人的一些错误，为祖国解剖学的发展做出了有益的贡献。

地理

康熙时，曾组织人力对全国进行大地测量，经过三十余年的筹划、测绘工作，制成了《皇舆全览图》。这部地图“不但是亚洲当时所有的地图中最好的一幅，而且比当时所有的欧洲地图都更好、更精确”。最后在《皇舆全览图》的基础上，根据测绘的新资料，制成了《乾隆内府皇舆全图》。在这份地图里第一次详细地绘出了中国的新疆地区。