经过这一番处置，允禩，允禵集团开始瓦解。雍正二年（1724年）四月，胤禛便开始对允禩法动攻势，特谕诸大臣说：允禩罪恶多端，不知悔改，“镇虽欲包容宽宥，而国宪具在，亦无可如何，当与诸大臣共正其罪”。八月，公开谴责允禩，允禵等人“结为朋党，翼遂其志”。十一月，更发出警告：“自亲王以下，闲散人以上，若有归附允禩结为朋党者，即为叛国之人，必加以重罪，决不姑贷。”看来，允禩就要大难临头了。但第二年插进了年羹尧案，使允禩得以暂时偷安。直到四年（1726年）正月，胤禛才发出上谕，历数允禩之罪，宣布削除宗籍，永远禁锢。九月，允禩死于禁所。同时，又把允禵由遵化押回京城，禁锢于景山；把允禟由西北戒至保定，交直隶总督李绂圈禁，数月而死；对其他所党附允禩集团或与该集团有牵连的人，也分别给以枭首示众，革职流放等严惩。
胤禛清除允禩，允禵集团，虽然结束了长达数十年争夺出为何皇权的斗争，巩固了皇位，但此事带给他的困扰却没有马上解脱。允禩集团覆没后，社会上又立即出现关于他“弑兄屠弟”的许多传言。他虽有所闻，但无从下手追查。六年（1728年）九月，湖南塾师曾静遣弟子张熙带他的书信，前往西安策动川陕总督岳钟琪起兵反清。书中大谈“华夷之分大于君臣之论”，猛烈抨击胤禛是暴君，说他有“弑兄屠弟”等十大罪状。尽管曾静策动反清，并把他本人骂得“惊讶堕泪”，他却没有杀曾静，而是着重查曾静这些言论的来源。最后查明，十大罪状之说，被发往各地的允禩等人的心腹太监们；而华夷之分论则清初著名理学家吕留良。
胤禛为消除这些言论的影响，费尽心思，逐条批驳，尤其是对华夷之分论，批驳得最为严厉。他认为应以德为王，不应居于区域。说“本朝之为满洲，犹中国之有籍贯”，并列举许多历史实力和清朝开拓疆土，统一全国的事实，说明清朝的统治是合理的。七年（1729年）九月结案时，他下令将有关此案的上谕编辑在一起，刊发全国各府州县学。十月，将曾静免罪释放，令其以现身说法，为他的嗣位和清朝统治的合理性做宣传。但对吕留良案的处置，却充分暴露了他的凶残面目。它不仅下令将已故的吕留良及其儿子，门人戮尸枭示，还将他们的后人和其他所有被牵连者，分别处斩，监禁和流放。
胤禛即位后，年羹尧，隆科多等人以扈翼登基之功，成为新朝柱石之人，宠荣备至。但随着其权力的膨胀，便擅权越法，骄横恣纵。他们滥用私人的行为，被称为“年选”和“佟选”。这虽然是胤禛恩宠放纵的结果，但他却容不得皇权受到削弱。三年九月，他将年羹尧逮捕，后以九十二条大罪，勒令其自尽。五年六月，又将隆科多逮捕，以四十一条罪状，宣布永远禁锢。六年六月，隆死于禁所。
几乎是在清除允禩集团和年，隆的同时，胤禛还发起了打击科甲朋党的斗争和大兴文字狱。在长期的储位之争当中，他看到支持允禩的人多是科举出身，这是他对科甲人极为厌恶。四年四月，新任直隶总督李绂参劾河南巡抚田文镜迫害读书人，误参信阳知县黄振国，汝宁知府张玢等人，将黄害死于中，杀人灭口。田文镜明知参劾他者是李绂，却回奏胤禛参劾他者必为进士，以刺激胤禛的多疑之心。又说汪，张等人都是进士出身，不无徇私袒护之情，如允许对他们的参劾“群起妄议”，将来“科甲职员如有贪污荀且，督抚诸臣断不敢提参矣”。此招果然灵验。胤禛因知道李绂也是同年进士，便怀疑他搞科甲朋党活动，由直隶总督调任工部侍郎。兵部尚书蔡珽因曾举荐过黄振国，又与李绂关系密切，也受到怀疑，降为奉天府尹。同年十二月，监察御史谢济世又疏劾田文镜营私负国。胤禛见与李绂的奏折内容雷同，便认定谢是受人指使，结党乱国，将其革职，发往阿尔泰军前效力赎罪。工部主事陆生楠，因和谢济世同为广西人，胤禛也怀疑他“平日必与李绂，谢济世结为党援之处”，也将其革职，与谢济世一同发往西北。
徭役制是除田赋之外一大社会弊病，五田者力不能负，被迫逃匿，政府征徭也无保障。因此，早在顺康时，就有人主张把丁役归入天粮，但争论了几十年未有结果。雍正元年，山东巡抚黄炳，直隶巡抚李维钧又先后奏请摊丁入粮，以苏民困。胤禛权衡利弊，斟酌再三，决定推行。他鼓励李维钧说：“直做去，坦然勿虑，若信不得自己，既信不得朕矣！”从雍正二年开始，首先在直隶，山东，云南，浙江，河南等地推行，然后在全国范围内普遍展开。具体做法，是康熙五十年（1711年）各州县的丁银数作为应征数额，平均分摊到田亩中，随地粮一起征收。没地银一两，大致加征丁银二钱。这一改革的结果，是加重了有田人的赋税，无田人得以免役，政府的丁银也有了保障。
胤禛在位期间，也曾有战事，但主要是在西北，西南少数民族地区。雍正元年夏天，青海和硕特蒙古的罗卜藏丹津发动叛乱。胤禛因登基不久，不想用兵，于是派侍郎常寿前往青海，劝谕罗卜藏丹津罢兵。罗卜藏丹进步胤禛的这一行动看成是软弱，不仅不听劝谕，反而将常寿扣留。十月，胤禛命川陕总督年羹尧为抚远大将军，四川提督岳钟琪为奋威将军，用兵青海。罗卜藏丹津畏惧，送还常寿，请求罢兵。但胤禛不准，决心武力评叛。罗卜藏丹津不敌，率部逃往柴达木。二年二月，胤禛命岳钟琪率精兵五千，夺路前往，半月之内，进至敌军大营。罗卜藏丹津着番妇女装，逃往准葛尔。平定罗卜藏丹津叛乱后，胤禛在青海派驻办事大臣，调整建制，进一步巩固了清王朝对青海地区的统治。
自从雍正元年驻藏部队撤回内地后，清廷对西藏的约束力得到削弱。雍正五年，西藏葛布伦阿尔布巴发动叛乱，杀了总理前藏事务的大臣，阴谋投靠准葛尔。胤禛深悔以前轻率从西藏撤兵，罪命左督御史查郎率川，陕，滇驻军一万五千人，再次进藏。六年秋，查郎阿兵至拉萨，诛杀首逆。为边防久远之计，胤禛决定在西藏留兵两千，分驻前后藏，并设驻藏大臣正副二人，作为中央政府的代表，行使权力。
罗卜藏丹津逃到准葛尔后，清廷曾要求准葛尔蒙古首领策妄阿拉布坦将其遣返给清朝政府处置，但遭到拒绝，这是胤禛十分恼火。西藏阿尔布巴叛军平定后，胤禛便开始策划对准葛尔的用兵。他说：准葛尔，西藏“二处实为国家隐忧，社稷生民忧戚系焉，所以圣祖见事之始末利益之意，灭取准葛尔，安定西藏者，圣知酌见，不得以必应举行者也“。此时，策妄阿拉布坦已死，其子葛尔丹策零继位，好兵如其父。七年（1729年）二月，胤禛命朝臣商议出兵事宜。大学士朱轼，督御史沈近思，督统达福等人认为条件未备，唯大学士张廷玉力主出兵。胤禛不为多数人意见左右，三月，命令侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，屯阿尔泰山，出北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，屯巴里坤。出西路。六月告祭太庙，正式宣布西征开始。