不过最后由于大量燃油泄漏，导致美国海军中型航母列克星顿号，舰内突然生大爆炸，最后引起大火，火势迅蔓延以至无法控制，最后于下午17时左右，美国舰长下令全体舰员离舰，17时3分左右，美军费尔普斯号驱逐舰奉命对美国中型航母列克星顿号射5条鱼雷，列克星顿号于17时56分沉没与珊瑚海地区，而已经降落到该舰上的36架美国飞机，也随之沉入大海，从此美国第五特混舰队，只剩下约克城号航母，尚有的轰炸机127架、战斗机32架，当时已经入夜，美军司令弗莱切已经无意再战，就率队撤离了主战场。

在这持续一天的海空战斗打下来，双方可以说都是精疲力竭，据不完整统计，远东海军损失七艘华夏级驱逐舰，三艘百川级巡洋舰，两艘南海大战中缴获的法国老式战列舰，山东号航母因为甲板损伤过于严重，只好携带十余架舰载机撤出战斗，前往阿拉斯加州船务进行修复。

美国海军同时损失明尼阿波利斯号、新奥尔良号2艘重巡洋舰，费尔普斯号、杜威号、法拉格特号、艾尔温号四艘驱逐舰，而日军最惨，损失了几乎所有的水面战舰，只剩下了最后一艘航空母舰翔鹤号，但也不是小鬼子不要命的猛攻，远东海军也不知至于损失了十二艘战舰，这样的数字直接成为远东海军历史上，在海战中损失最大的一次。

同时损失的战机数量也不小，远东海军损失z2单翼鱼雷轰炸机7架，歼11、歼13合计35架，而美国海军在空战中损失5、6战斗机61架，b92轰炸机3架，日军损失战机27架，双方一共损失133架各类战机。

这样的数据统计出来以后，自然就将珊瑚海之战的命运画上了注定，虽然在战前，远东海军航空母舰战斗群，外加夏威夷基地的战机，最多只拥有25余架，而日美联军合计55余架，可是在几天的硬战打下来，美国只剩下约克城号2架战机和小日本翔鹤号5架战机。

而远东军团还拥有2架战机，这样的数据可能摆在之前，日美联军还有一拼的想法，但是几天打下来，他们已经知道了远东海军航空母舰战斗群的实力，再加上这场战斗，准确的暴露了一个问题，那就是远东海军可以说指哪打哪，而日美联军有时候，自己都觉得指挥系统很乱。

关于日美联军现了他们的通信，已经被远东军团破解，这一点此时的远东指挥官李东华一点也不在乎，因为在第三天的迎战中，他已经成功的将天平打破，以后就算是没有准确的敌情，他也能将日美联军打趴在珊瑚海。