阿尔托莉雅瞬间击败卫宫，正要杀死对方时被士郎制止。士郎与远坂凛暂时结成同盟关系。士郎随远坂凛前往冬木市的言峰教堂会见了神父言峰绮礼，并对圣杯战争有了大致的了解。

一行人回家的路上，碰见了带着高大从者berserker赫拉克勒斯的银发小女孩伊莉雅丝菲尔·冯·爱因兹贝伦，双方展开激战。士郎作为御主的情况下，本就已负伤的阿尔托莉雅的战斗力远远无法正常发挥，一照面就被强大的赫拉克勒斯武力压制。作为一国之主的自尊令她绝不服输，身为从者更是无法容忍自己的御主受到伤害，然而士郎从未将她看作一个从者，而是将她视作一名需要保护的女性来看待。在赫拉克勒斯即将杀死阿尔托莉雅的前一刻，士郎挺身而出替她承受了这致命的一击。伊莉雅见士郎竟然愿意舍命救人，内心混乱之下决定暂时放过他们。

士郎体内有阿尔托莉雅的宝具阿瓦隆，第二天便恢复了伤势。他在卫宫府邸的剑道场找到了阿尔托莉雅，此刻她已换上了

远坂凛赠与的服装，阳光下的少女身姿无比美丽。明明外表是一个十四、五岁的欧洲宫廷少女，但身上的高贵气质以及那剑一般锋利的气势令人永生难忘，士郎看得呆了。

阿尔托莉雅认为士郎昨晚的行为过于莽撞，并认为自己是士郎的「剑」，而非是什么需要保护的女孩子，士郎首次对阿尔托莉雅的内在有了些许了解，更加坚定了要保护她的信念。

由于阿尔托莉雅并非传统意义上的英灵，无法做到完全的灵体化，因此也需要睡眠和进食，无论在睡觉上还是吃饭上都堪称一绝，而士郎的高超厨艺正中阿尔托莉雅的红心。

在这期间，柳洞寺内的caster美狄亚大面积吸取冬木市普通民众的灵魂力量，试图积蓄魔力以应对圣杯战争，士郎从rider美杜莎处得知了此事。

对于美狄亚的事件，士郎认为阿尔托莉雅不应该参与进去，并认为这是一个陷阱，且她如今仍然身负伤势不适合战斗。而阿尔托莉雅认为身为从者却逃避战斗是可耻的行为，如此被动行事，最终必然会吃亏，两人在此事产生了分歧。阿尔托莉雅趁士郎熟睡之际，独自一人前往柳洞寺，遭遇看守寺门的assassin佐佐木小次郎。士郎作为御主感应到阿尔托莉雅正处于战斗中，立刻赶到现场，而这场较量也不得不中止。由于士郎无法给阿尔托莉雅提供任何魔力，她只能依靠自己的魔力维持在现界，经过一番战斗后再也无法强撑，倒在士郎怀里。

士郎将阿尔托莉雅背回家，她恢复意识后，再次询问士郎为什么一再阻止她参与战斗，对于士郎将她「视作妇女而非战士」感到非常不满，士郎则认为自己才应该去战斗。在一旁的远坂凛一针见血地指出了士郎只是不希望阿尔托莉雅受伤，比起自己会受伤乃至于死亡，毫不作为才是最可耻的。阿尔托莉雅意识到士郎的价值观与自己颇为相似，决定亲自教他剑术。第二天剑道场中，士郎被阿尔托莉雅轻易击败，但是仍然无数次地奋起反击。阿尔托莉雅最欣赏的就是不服输、不断努力的人，面对情绪低落的士郎露出了罕见的温柔笑容，并称赞士郎的攻击充满了力量，士郎却红着脸不敢直视她。

士郎被间桐慎二骗到学校内，美杜莎出手攻击士郎，士郎牺牲一次令咒召唤出阿尔托莉雅解除了困境。事后，阿尔托莉雅再次与士郎对峙，想彻彻底底地了解士郎的想法。士郎唯独在「不想看到你受伤」的立场上绝不退让，阿尔托莉雅接受了他这个顽固的想法，并微笑着说「我是你的剑，除了我还有谁会成为你的力量呢」。

士郎决定立刻找出美杜莎的御主所在的位置，因此两人在市内各处进行魔力搜寻，但以无果而终。在公园内的躺椅上，阿尔托莉雅看出士郎的疲倦，主动提出「膝枕」。通过交谈，阿尔托莉雅得知了士郎的身世，并称士郎应该更珍惜自己。

晚上二人继续搜寻，遭遇美杜莎，阿尔托莉雅使用宝具「誓约胜利之剑」瞬间将之击杀，而魔力的大量消耗再次令她昏迷不醒。昏迷中的阿尔托莉雅与士郎之间共通了梦境，士郎梦见了她部分生前的经历，对她产生了更深刻的认识。随后在街上游荡思考如何帮助她补充魔力的士郎，被伊莉雅抓到了冬之堡中。

清醒过来的阿尔托莉雅虽然身体极度虚弱，但发现士郎失踪后立即与远坂凛前去寻找。循着与御主之间的联系，阿尔托莉雅、远坂凛以及卫宫偷偷潜入城堡，并找到了士郎。众人正准备逃出去，却发现这一切都是伊莉雅的陷阱，她打算将所有人一网打尽。

经过一番苦战，在卫宫舍弃生命的拼死掩护下，众人才逃了出来。失去了从者的远坂凛认为唯一的希望就是阿尔托莉雅，但她的魔力已经完全不能支撑肉身，必须进行魔力补充。阿尔托莉雅没有任何反抗的能力，在远坂凛的指导下，士郎与阿尔托莉雅成功补魔。

阿尔托莉雅、士郎、凛齐心协力下压制了赫拉克勒斯，但强大的宝具「十二试炼」令其拥有着十二条生命。就在赫拉克勒斯即将杀死凛的时候，士郎投影出早已消失的石中剑，与阿尔托莉雅齐心协力一剑七杀，彻底灭杀了赫拉克勒斯。

事后士郎认为伊莉雅本质不坏，将其收留在卫宫府邸。自此开始，阿尔托莉雅也梦见了士郎的过去，并对他「牺牲自己救助别人」的价值观表达了反对，这令她回想起自己的前生，两人在这一方面是惊人的相似，阿尔托莉雅不希望士郎重蹈她的覆辙。

美狄亚对卫宫邸发动攻击，士郎与阿尔托莉雅联合抗敌，正在美狄亚声称要将阿尔托莉雅变为自己的仆人时，第四次圣杯战争中的英雄王吉尔伽美什突然出现，怒斥美狄亚的无知并声称骑士王是他的东西，之后直接灭杀了美狄亚，卫宫邸也遭到严重破坏。

在阿尔托莉雅的讲述中，众人得知了吉尔伽美什的强大，士郎也得知了吉尔伽美什曾向阿尔托莉雅求婚的往事。心烦意乱的士郎向她询问得到圣杯后的打算，阿尔托莉雅表示不会留在现界，而是会回到过去重新选定一个王，拯救过去的不列颠。士郎怒斥人应该活在当下而不是过去，在随后的谈话中，他得知一旦圣杯消失，从者也会从这个世界消失。