驻守东北的第四十八军叛国的同时，南洋地区也爆发了大规模的叛乱，南洋叛军是当初帝国组建的日本雇佣军。帝国在征服菲律宾、印尼等南洋地区后，虽然在当地都组建了傀儡政权进行统治，但这些附属国和新占领区内仍然存在着大量的反抗分子。这些抵抗势力基本以游击队的方式存在，对帝国在当地建立的新社会秩序进行各种形式的破坏和偷袭，同时不少当地的菲律宾人、印尼人也暗中支持和同情这些本族的抵抗势力。为了处理这种棘手的问题，帝国军大量使用朝鲜仆从军和日本雇佣军进行扫荡。由于帝国军为了顾及帝国的名声和在当地统治的稳定性，从而不能公开进行扫荡活动以及剿杀抵抗势力，毕竟这样会沾染上“屠杀平民”的恶名，也不能清洗那些同情和支持抵抗势力的当地平民，因此这些肮脏的事情基本都交给朝鲜仆从军和日本雇佣军去做。事实上，日本雇佣军在剿灭和屠杀当地反抗势力的时候一直是冷酷无情、不遗余力，这也让南洋军区慢慢地放松了对这些由前日本军人组成的雇佣军的警惕，这自然让这些狼子野心的日本武装势力得以乘虚而入。

原本日本雇佣军希望英法联合远东舰队能够全歼帝国海军的印度洋舰队，这样他们就能配合取得了南海制海权的英法军夺取帝国的南洋附属国和海外省，并在英法的支持下以南洋地区以及移民南洋的百万华人为筹码，换来日本本土的独立。但局势却没有按照他们设想的那样发展，英法海军势力都被驱逐出了东南亚，这让日本雇佣军陷入孤军奋战的不利境地里。尽管大局并不适合反叛，但日本雇佣军明白一件事，日本复国会对帝国本土施行细菌战后必然会让帝国方面彻底丧失对日本的信任，日本本土不但会遭到报复，日本雇佣军也会被解散。与其坐以待毙，不如孤注一掷。基于这样的考虑，驻守印尼的日本雇佣军6个旅团、5万余日军在迫于无奈之下，发动了集体叛乱。（在南洋地区，朝鲜仆从军驻守菲律宾，日本雇佣军驻守东印尼省和西印尼省）

做了帝国军12年走狗的日军彻底暴露出了野心狼的本质。日本雇佣军势力原先主要由小川又次中将和田村怡与造中将担任正副总指挥，田村中将几年前病死于南洋后，皇族成员泷泽月中将成为雇佣军的二号人物。小川和田村两人都是日本陆军近代最杰出的战略家之一，特别是小川中将，他曾经撰写了巨细无遗、面面俱到的《清国征讨方略》，为日本入侵中国制定了非常详细的计划，对敌我双方的力量对比也有着入木三分的精辟分析。但可惜，人算不如天算，中华帝国的崛起让日本入侵清国的战略计划彻底烟消云散，日本都成为了中华帝国的附庸国。在这种情况下，大批日本陆军的高层将领选择自杀殉国或者进行飞蛾扑火式的反击。而小川中将则精心制定了“磨刀再战”的方针，表面上看，他是日本陆军高层当初首批主动投靠中华帝国的“识时务者”，但实际上，他则在背地里连同田村等雇佣军的其他高级将领与转入地下活动的日本情报机构负责人川上操六继续密谋日本的复国。为了激励自己，小川中将背地里时常以越王勾践自比，同时用“有志者，事竟成，百二秦关终属楚；苦心人，天不负，三千越甲可吞吴”这句话来自勉，以效仿越王勾践卧薪尝胆的精神。

帝国高层都没有想到，日本雇佣军的头号人物竟然是日本复国会的主要领导人。表面上，小川又次、泷泽月等人对帝国死心塌地忠诚，甘心充当帝国军的走狗和爪牙，惟帝国军马首是瞻，在清剿南洋抵抗势力以及屠杀那些反抗帝国统治的南洋当地居民的时候，小川等人从来都是大挥屠刀、毫不犹豫。十多年里，他们用上百万菲律宾人、印尼人的生命和鲜血来证明了自己的“忠诚”，成功取得了帝国军方面的信任。如今，他们则彻底露出了深藏不露的野心。在小川中将和泷泽月等人的精心策划下，帝国军安插在日本雇佣军内的“军事顾问”等眼线尽皆被杀死，驻守雅加达郊区的日本雇佣军第1旅团连夜突袭了一百多公里外的万隆，将城内的五万余华人华侨都扣押为了人质。驻守印尼其他地区的其他五个旅团的日本雇佣军也纷纷如法炮制，杀死了眼线，突袭附近的城市，扣押当地华人华侨为人质。日本复国会则为反叛了的雇佣军提供了源源不断走私倒卖来的军火和大量的资金。

一时间，帝国的东北和南洋尽皆陷入了叛乱的内战中。再加上东部沿海地区和西南内陆的疫情，整个帝国进入了建国以来前所未有的动荡里，全国一片人心惶惶。瘟疫和叛乱犹如野火般在帝国辽阔的国土上蔓延着。

极度震怒的帝国高层迅速制定镇压叛乱的对策。对于发生在东北的叛乱，圣武皇帝等人知道这是帝国内部的民族分裂，必须谨慎对待，不能因此而破坏汉族和其他少数民族的关系。皇帝迅速想到了一个人。

爱新觉罗·载湉，原为清德宗光绪皇帝，他虽然宅心仁厚、奋发图强，但在位期间一直是慈禧皇太后操控的傀儡木偶。当初借助帝国航空兵和特种兵的帮助，光绪上演了一幕飞跃紫禁城的逃亡计划。投奔帝国只后，爱新觉罗·载湉被任命为国民代表大会常务委员会主席，相当于西方的议会的议长。这么多年来，载湉过着平凡而不平庸的日子，虽然没有突出贡献，但确实也是任劳任怨。当初第一次满清余孽发动叛乱后，载湉立场坚定地拒绝和叛军同流合污，这不但让帝国政府彻底信任他，也为他本人赢得了很大的口碑。当圣武皇帝见到载湉时，发现这位前朝的皇帝过得很不错，气色很好、如沐春风。当初做那个傀儡皇帝时，载湉不但长期缺少关爱，生活在抑郁和痛苦中，而且衣食住行也没有得到照顾，吃的都是馊冷的饭食。这也是载湉极度厌恶清廷和满清皇室的原因之一。此时担任国会主席的载湉，过的自然是比较富足的日子，他还续了弦，生了两个儿子和一个女儿（他当初的隆裕皇后在帝国军攻取北京时已经自缢而死）。

见到皇帝亲自驾临，载湉急忙恭恭敬敬行半鞠躬礼：“微臣见过皇上。”

皇帝点头道：“免礼吧。朕找你，是因为东北爆发叛乱了，你可知晓？”

载湉顿时紧张惶然道：“微臣已经知道了，是当初满清遗臣和皇室后裔发动的。微臣真是罪该万死。”

皇帝摇头道：“这和你无关。这么多年来，你坚定不移地拥护国家统一以及各民族平等，全国都是有目共睹的。只可惜，很多人反而不如你的觉悟。”

载湉感动道：“皇上真乃千古第一仁君。像我这样的前朝君王，搁哪个朝代都肯定要被新的君王给除掉以绝后患。皇上宽宏大量、仁慈英明，微臣即便粉身碎骨，也难报皇上恩德。”

皇帝正色道：“这次东北叛乱，比较敏感，因为叛贼首脑良弼、铁良、溥伟等人都是满清时期的遗臣和皇室的后裔，他们打出的旗号是‘驱逐汉人，光复大清’，如此一来，他们的举动不仅仅是单纯的造反，而且还刻意地挑拨起了汉族和满族的平等团结关系。朕非常担心广大满族同胞会遭到蒙蔽和欺骗，被这些野心家所利用，造成国内不同民族之间发生分裂。镇压东北的叛乱，不仅仅是军事行动，也是政治行动，维护汉满团结是最为重要的当务之急。”

载湉羞愧道：“良弼等人之举，狭隘极端，实乃鼠目寸光。他们这样做，简直是陷广大满人全族于不仁不义。他们的举动不但破坏了各民族之间的团结，更加使得满族人的名誉遭到玷污。他们不以国家大义出发，仍然以一族之利为目的，这样，全国其他民族如何看待我满族？全国一百多个民族都是手足兄弟，偏偏部分满人仍然心怀叵测，这真是令我痛心疾首。”